由于太久沒(méi)有分析過(guò)bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個(gè)文章的數(shù)據(jù)時(shí)有點(diǎn)亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程 -
TCGA+biomarker——常見(jiàn)結(jié)果展示
在腫瘤研究領(lǐng)域，biomarker的研究以及相應(yīng)試劑盒的開(kāi)始，是服務(wù)于腫瘤臨床的一個(gè)方向。這類(lèi)研究項(xiàng)目依賴(lài)于大量腫瘤臨床樣本和機(jī)器學(xué)習(xí)算法。由于眾多高通量數(shù)據(jù)庫(kù)的建立，使得大...
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細(xì)胞類(lèi)型鑒定--單細(xì)胞marker基因（持續(xù)修正）細(xì)胞類(lèi)型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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判斷GEO芯片數(shù)據(jù)表達(dá)矩陣是否需要log2轉(zhuǎn)換通過(guò)exprs函數(shù)獲取表達(dá)矩陣后我們可以通過(guò)以下三種方法判斷是否需要進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識(shí)別 最簡(jiǎn)單粗暴的方法就是，根據(jù)數(shù)值大小粗略估計(jì)：如果表達(dá)量的數(shù)值在50以?xún)?nèi)，通...
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Cre小鼠的簡(jiǎn)介與應(yīng)用1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應(yīng)用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個(gè)通過(guò)細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類(lèi)型之間的相互...
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R語(yǔ)言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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TCGA的ID轉(zhuǎn)換可以一步到位了
0.背景知識(shí) TCGA或TCGA+GTEx的表達(dá)矩陣，行名都是ensamble id，因?yàn)門(mén)CGA數(shù)據(jù)的參考基因組版本是genecode V22，xena重新分析的TCGA+...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
