deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
發(fā)簡信
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deepTools 使用指南 -
ATAC-seq專題---生信分析流程ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個部分：數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對、峰檢測、motif分析、峰注釋、富集分析，下面將對各部分內(nèi)容進行展開講解。 一、測序數(shù)據(jù)過濾與質(zhì)量評估 ...
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用pheatmap畫熱圖
假裝是前言 學(xué)了很久的R，一直也沒啥進展，之前一直覺得R不是很容易的東西嗎，復(fù)制粘貼代碼就好了。。emmm，太年輕太年輕。。 我用R的日常就是畫熱圖，各種各樣的熱圖。所以網(wǎng)上...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實戰(zhàn)練習(xí)前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組亞群細(xì)分策略10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的核心就是聚類，但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的聚類到目前為止還存在很多困難和挑戰(zhàn)，具體可以參考文獻Chall...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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R包SCENIC:安裝
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物種：人、鼠、果蠅 input的要...
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Markdown基本語法Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語言。通過簡單的標(biāo)記語法，它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點：1、因為是純文本，所以只要支持Markd...
