deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具,適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù),可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個部分:數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對、峰檢測、motif分析、峰注釋、富集分析,下面將對各部分內(nèi)容進行展開講解。 一、測序數(shù)據(jù)過濾與質(zhì)量評估 ...
假裝是前言 學(xué)了很久的R,一直也沒啥進展,之前一直覺得R不是很容易的東西嗎,復(fù)制粘貼代碼就好了。。emmm,太年輕太年輕。。 我用R的日常就是畫熱圖,各種各樣的熱圖。所以網(wǎng)上...
前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章:Transcript-level expression analy...
10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的核心就是聚類,但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的聚類到目前為止還存在很多困難和挑戰(zhàn),具體可以參考文獻Chall...
擬時(pseudotime)分析,又稱細(xì)胞軌跡(cell trajectory)分析,通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程,在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物種:人、鼠、果蠅 input的要...
Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語言。通過簡單的標(biāo)記語法,它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點:1、因為是純文本,所以只要支持Markd...