新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功，要么缺乏物種信息，要么缺乏gene symbol...
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用clusterProfile進(jìn)行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對這個過程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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ggplot2一頁多圖排版的簡便方法更好的閱讀體驗(yàn)>> 要想在同一頁面上排列多個ggplot2圖形，基本的R函數(shù)par() 和 layout()是無效的。解決方案之一是使用 gridExtra包中的一些函數(shù)來排...
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2021-07-01 GO、kegg富集分析What：什么是GO和KEGG？ GO全稱是Gene Ontology，它分為：細(xì)胞組分（cellular component, CC）、分子功能（molecular fun...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下載NCBI SRA數(shù)據(jù)sratoolkit 是NCBI提供的用于處理來自SRA 數(shù)據(jù)庫測序數(shù)據(jù)的一個工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下載 首先，下載最...
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anvi'o泛基因組分析流程[官方版本(翻譯)]寫在前面：鑒于本人想用這個軟件分析泛基因組，但是并沒有找到合適的中文說明，那就只好翻英文說明，并順手翻譯了一下。本文檔主要根據(jù)官方原泛基因組分析流程[https://mere...
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eggNOGmapper注釋結(jié)果快速分析及kegg通路可視化代碼有更新，若要使用筆者的代碼進(jìn)行分析建議使用更新后的代碼[http://www.itdecent.cn/p/836c3979f8cb] eggNOGmapper注釋結(jié)果 ...
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R/BioC序列處理之三：Biostrings模式匹配和序列比對
轉(zhuǎn)自http://blog.csdn.net/u014801157/article/details/24372465感覺挺有用的，注意原作版權(quán)哈，咱們學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)～ Biostr...
