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WES學(xué)習(xí)4：annovarToMaf以及maftools使用一般找公司做的標(biāo)準(zhǔn)分析，會根據(jù)客戶指定的要求，把基本的質(zhì)控、比對、call SNP以及annovar注釋等步驟做完，這些也比較流程化，難點是客戶...
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WES學(xué)習(xí)2--數(shù)據(jù)質(zhì)控選擇1： 拿到測序下機數(shù)據(jù)，開始分析。首先創(chuàng)建目錄 我是使用filezilla將公司給的原始數(shù)據(jù)上傳到raw目錄中。一共5個樣品，其原始數(shù)據(jù)存在...
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WES學(xué)習(xí)1--conda鏡像設(shè)置
確認(rèn)已經(jīng)安裝好了miniconda3,然后按照上述代碼設(shè)置好使用清華的鏡像（以后安裝軟件比較快速方便）。然后就可以按照流程創(chuàng)建環(huán)境和安裝軟件了 ...
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hg38參考基因組的選擇和BWA index使用我有一些WGS和WES數(shù)據(jù)需要分析，看了很多博客和文章，對基本流程已經(jīng)有了大概認(rèn)識，但是實戰(zhàn)的時候，卻卡在的人的參考基因組的選擇上。查閱了很多帖...
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GATK-4.2.1.0的下載安裝和conda的使用
1.下載最新安裝包 2021.08.06對應(yīng)的最新版本的是4.2.1.0，下載網(wǎng)址：https://github.com/broadinstit...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-數(shù)據(jù)下載斷斷續(xù)續(xù)學(xué)習(xí)生物信息也有一段時間了，因為做實驗的緣故沒辦法系統(tǒng)學(xué)習(xí)，只能看大家的帖子一點點補充。俗話說的好，好記性不如爛筆頭，為方便記憶，我就將...
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md5sum用法
MD5算法常被用來校驗網(wǎng)絡(luò)文件傳輸?shù)耐暾裕乐刮募淮鄹幕騻鬏敳煌耆?。MD5全稱是報文摘要算法（Message-Digest Algorith...
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BWA下載安裝1.下載BWA 2. 解壓縮 -j：有bz2屬性的-x：解壓;-v：顯示所有過程 3. 編譯BWA 4. 添加到環(huán)境變量 在bashrc文件末尾...