一般找公司做的標準分析，會根據(jù)客戶指定的要求，把基本的質(zhì)控、比對、call SNP以及annovar注釋等步驟做完，這些也比較流程化，難點是客戶根據(jù)自己的項目需求做下游分析。...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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WES學習4：annovarToMaf以及maftools使用 -
WES學習2--數(shù)據(jù)質(zhì)控選擇1： 拿到測序下機數(shù)據(jù)，開始分析。首先創(chuàng)建目錄 我是使用filezilla將公司給的原始數(shù)據(jù)上傳到raw目錄中。一共5個樣品，其原始數(shù)據(jù)存在在以下5個目錄中，結(jié)構(gòu)如下： ...
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WES學習1--conda鏡像設(shè)置
確認已經(jīng)安裝好了miniconda3,然后按照上述代碼設(shè)置好使用清華的鏡像（以后安裝軟件比較快速方便）。然后就可以按照流程創(chuàng)建環(huán)境和安裝軟件了 還可以批量安裝（-y是為了省略...
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菜雞
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連雨不知春去，一晴方覺夏深
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科服：生信、AI、育種。全網(wǎng)同號
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hg38參考基因組的選擇和BWA index使用我有一些WGS和WES數(shù)據(jù)需要分析，看了很多博客和文章，對基本流程已經(jīng)有了大概認識，但是實戰(zhàn)的時候，卻卡在的人的參考基因組的選擇上。查閱了很多帖子和網(wǎng)站資料，最終還是決定記錄...
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做一個自由而有用的靈魂<br>
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2021-01-05重測序數(shù)據(jù)call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[http://www.itdecent.cn/p/938d362fc48d]如何利用重測...
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GATK-4.2.1.0的下載安裝和conda的使用
1.下載最新安裝包 2021.08.06對應的最新版本的是4.2.1.0，下載網(wǎng)址：https://github.com/broadinstitute/gatk/releas...
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GATK4流程學習之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程學習之背景知識與前期準備 - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/97e803755fa6]GATK4流程學習之DNA-Seq varia...
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努力努力再努力~<br>個人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-數(shù)據(jù)下載斷斷續(xù)續(xù)學習生物信息也有一段時間了，因為做實驗的緣故沒辦法系統(tǒng)學習，只能看大家的帖子一點點補充。俗話說的好，好記性不如爛筆頭，為方便記憶，我就將每天用到的生信知識記錄下來，加...
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md5sum用法
MD5算法常被用來校驗網(wǎng)絡文件傳輸?shù)耐暾裕乐刮募淮鄹幕騻鬏敳煌耆?。MD5全稱是報文摘要算法（Message-Digest Algorithm 5),可對任意長度的信息逐...
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BWA下載安裝1.下載BWA 2. 解壓縮 -j：有bz2屬性的-x：解壓;-v：顯示所有過程 3. 編譯BWA 4. 添加到環(huán)境變量 在bashrc文件末尾追加export PATH=$...
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一只煙酒僧
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