Shotgun sequencing測(cè)到的reads數(shù)每個(gè)樣本一般都不會(huì)相同的,但測(cè)序又沒辦法絕對(duì)定量,所以只能假定每個(gè)樣本的總體菌群的數(shù)量是一致的,然后比較每個(gè)genus/species的相對(duì)豐度。我創(chuàng)建的矩陣可以認(rèn)為是raw abundance data,需要做數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換才能進(jìn)行下游分析
微生物組數(shù)據(jù)的centered log-ratio transformation?在分析腸道微生物數(shù)據(jù)中,一般會(huì)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行一定的轉(zhuǎn)換,以使數(shù)據(jù)盡可能的服從正態(tài)分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...