1、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測(cè)序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對(duì)這些壓縮格式進(jìn)行解壓操作 解壓好的文件即正...
IP屬地：陜西
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2、RNAseq(2)--測(cè)序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data） -
基因 ID 和 Symbol 轉(zhuǎn)換前言 看了這么多期的 circos，都有點(diǎn)乏了，換換口味也是好的。 下面，咱就開(kāi)始吧。 做生信分析，總是免不了要給基因 ID 和 Symbol 轉(zhuǎn)換來(lái)轉(zhuǎn)換去。 方法 一般要進(jìn)...
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整理ICGC 表達(dá)數(shù)據(jù)參考：ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)提取表達(dá)矩陣/如何提取癌癥數(shù)據(jù)--生信自學(xué)網(wǎng)使用spread 出現(xiàn)的坑--劉小澤簡(jiǎn)書 目的：當(dāng)我們使用TCGA 表達(dá)數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)以gene-sample...
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Hic-pro的結(jié)果文件轉(zhuǎn)化為.hic文件，在juicebox中實(shí)現(xiàn)可視化hic數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)Hic-pro處理后，會(huì)生成allvalidpairs文件，這是所有有效配對(duì)的文件。一般想要可視化的話，比較復(fù)雜。這時(shí)我們就可以把它轉(zhuǎn)化為.hic文件，放到j(luò)u...
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Hic-pro 的安裝
目前處理Hi-c數(shù)據(jù)的工具主要是Hic-pro和juicer。juicer相對(duì)來(lái)說(shuō)更好用一些，因?yàn)楦恿鞒袒恍?具體使用方法見(jiàn)《HIC數(shù)據(jù)介紹及相關(guān)分析》）但鑒于Hic-...
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使用wget下載GEO數(shù)據(jù)我們有時(shí)需要下載GEO數(shù)據(jù)，使用getGEO的話比較麻煩，特別是當(dāng)我們只需要其中某一兩個(gè)文件時(shí)。但是當(dāng)我們直接復(fù)制文件鏈接，使用wget下載時(shí)，卻只能下載當(dāng)前的網(wǎng)頁(yè)。 經(jīng)過(guò)我...
