軟件安裝 剪切位點強度計算 支持 suppa2, rMATS輸出結(jié)果。可直接計算各位點強度得分。該軟件是對MaxEntScan(http://hollywood.mit.ed...
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可變剪切位點強度計算[自用] -
使用scVelo進行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛。在單細胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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Seurat包------標(biāo)準(zhǔn)流程單細胞學(xué)習(xí)入門教程，里面的東西可以反復(fù)琢磨，標(biāo)準(zhǔn)分析基本上就這么多內(nèi)容。教程中提到了大量的資源介紹，參數(shù)含義解讀，甚至高級部分的簡潔版算法介紹，結(jié)果解讀，可視化方法，以及數(shù)據(jù)...
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10X單細胞轉(zhuǎn)錄組與10X單細胞ATAC聯(lián)合分析之Seurathello，大家好，這是第一次和大家分享有關(guān)10X單細胞和10XATAC的聯(lián)合分析，我們這一次來深入看一下10X單細胞和10XATAC的聯(lián)合分析方法（Seurat）。 Int...
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使用Trinity 軟件進行拼接（無參轉(zhuǎn)錄組）文章背景（此背景非彼背景） 本文主要是對Trinity軟件的背景、安裝以及參數(shù)做一個詳細的介紹。別問為什么沒有接著做 02——轉(zhuǎn)錄組分析——軟件下載；因為發(fā)現(xiàn)師兄留下來的...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細胞了。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，顧...
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單端測序與雙末端測序問題
問題 Paired-End測序與Mate-Pair測序相對于單端測序有何優(yōu)勢？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥關(guān)系？它們是如何參與拼接和比對的呢？ M...
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外顯子、內(nèi)含子、mRNA,CDS區(qū)別關(guān)于基因理論知識補充：外顯子、內(nèi)含子、mRNA,CDS區(qū)別 1、DNA復(fù)制：以DNA為模板，在DNA聚合酶的催化作用下，將四種游離的dNTP按照堿基互補配對原則合成新鏈DNA...
