有時候不得不感慨，時間已經(jīng)來到了2024年的尾聲，但是對于許多非模式的物種來說，各種工具、數(shù)據(jù)集、參考等等依然還在寒冬。今天帶大家手動的構(gòu)建屬于小眾物種的富集分析全攻略。 1...
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【生信實戰(zhàn)】最詳細(xì)的非模式物種的GO/KEGG富集分析全攻略
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@dab0d5db93de 關(guān)于這個其實官網(wǎng)提到了，The fq2bam tool requires at least 38 GB of GPU memory by default; the --low-memory option will reduce this to 16 GB of GPU memory at the cost of slower processing.
可以使用--low-memory參數(shù)，這樣可以在16GB的顯存下計算GATK太慢？利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付
目前，隨著測序成本的降低，越來越多的WGS/WES項目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器，但是大數(shù)據(jù)帶來的計算緩慢問題也越發(fā)凸顯。這里和大家分享基于英偉達(dá)GPU的 Cl...
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免費使用，提供付費的商業(yè)支持
GATK太慢？利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付
目前，隨著測序成本的降低，越來越多的WGS/WES項目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器，但是大數(shù)據(jù)帶來的計算緩慢問題也越發(fā)凸顯。這里和大家分享基于英偉達(dá)GPU的 Cl...
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【生信實戰(zhàn)】從馬賽克到4K，極度震撼的Visium HD空間轉(zhuǎn)錄組近日10X終于發(fā)布了他們擁有亞細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品，并給出了一些列的測試數(shù)據(jù)。今天帶大家進(jìn)行一些基本的探索與實戰(zhàn) 1 數(shù)據(jù)下載 這里筆者選擇了10X給到的小鼠的腦組織進(jìn)...
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單細(xì)胞VDJ分析背景知識背景：單細(xì)胞VDJ的背景、原理等。 1.為什么做單細(xì)胞VDJ？ 理論上生物體內(nèi)的基因組DNA是完全相同的，除了腫瘤細(xì)胞會發(fā)生頻繁的DNA突變。因此，常規(guī)的單細(xì)胞研究不用關(guān)心D...
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【生信實戰(zhàn)】空間轉(zhuǎn)錄組反卷積——帶你了解Spot里究竟都有點啥細(xì)胞隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及，越來越多的課題開始使用這一技術(shù)。當(dāng)前，以10X Visium為代表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是目前最常見的技術(shù)。然而，10X Visium由于技術(shù)本身的局限性...
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【生信實戰(zhàn)】scRNA單細(xì)胞/ST空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞注釋完全指導(dǎo)手冊隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展和普及，越來越多的課題組開始使用單細(xì)胞技術(shù)進(jìn)行自己的課題研究。然而，在單細(xì)胞的注釋上，商業(yè)公司提供的流程化注釋往往難以滿足實際的需求，甚至得到牛頭不對馬嘴...
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GATK太慢？利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付目前，隨著測序成本的降低，越來越多的WGS/WES項目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器，但是大數(shù)據(jù)帶來的計算緩慢問題也越發(fā)凸顯。這里和大家分享基于英偉達(dá)GPU的 Cl...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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14高通量測序-edgeR and DESeq2, part2-獨立過濾edgeR and DESeq2, part2-獨立過濾 ? 過濾低read計數(shù)的基因，又名獨立過濾(Independent Filtering)。 ? ...
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空間轉(zhuǎn)錄組的幾個分析要點及經(jīng)典文獻(xiàn)分享作者，Evil Genius~~ 空間轉(zhuǎn)錄組的運用方向：轉(zhuǎn)錄、蛋白 ST最適合回答三種生物問題：首先可以闡明組織的細(xì)胞類型組成；第二類問題與細(xì)胞相互作用有關(guān)；最后可以幫助闡明...
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brew lust gcc路徑中g(shù)cc后面跟著的大版本就是
如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包
蘋果的m1芯片已經(jīng)出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同學(xué)也是用上了新的macbook，m1芯片的優(yōu)點我們已經(jīng)有目共睹。雖然新版本的R的新版本和cran上的標(biāo)準(zhǔn)包如g...
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用readxl包里面有read_excel
【R實戰(zhàn)】如何優(yōu)雅智能的畫出帶標(biāo)注的火山圖
本來說這期是要更新LncRNA鑒定思路的，但是看到上一期人氣低迷，就暫時晚點在弄了，這次就來跟大家分享一下火山圖 什么是火山圖？ 顧名思義，火山圖就是一個長得有點像火山的圖形...
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已知的直接通過gtf去選擇類型為lncRNA的，然后可以用gffread提取已知的序列。當(dāng)然這個和不同的gtf有關(guān)，需要你自己先去觀察你的gtf哪類是lnc
【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA鑒定思路與軟件比較分析
1.非編碼RNA簡介 非編碼RNA是一類被認(rèn)為不具備編碼能力RNA，目前已知的已經(jīng)有十多種，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干擾RNA、miRNA(18-24...
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一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個問題的理解給...
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【生信基礎(chǔ)】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何將count轉(zhuǎn)為FPKM/TPM相信學(xué)習(xí)生信的小伙伴不難發(fā)現(xiàn)，在定量的時候大多的文章或者公司的結(jié)果都有這幾種定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)還有count等等，這些究竟該如何使用，...
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【生信實戰(zhàn)】只會GO/KEGG，何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫進(jìn)行富集分析REACTOME 是一個開源、放開、人工整理并經(jīng)過同行評審的通路數(shù)據(jù)庫。目標(biāo)是為各個通路提供可視化、可解釋的分析，以支持基礎(chǔ)研究、臨床研究、基因組分析、建模、系統(tǒng)生物學(xué)等。 ...
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data.table簡介
data.table語法介紹 因為這篇文章主要是data.table，所以在詳細(xì)對比之前，先來介紹一下dplyr的情況 dplyr的優(yōu)點在于語法優(yōu)雅，符合人的邏輯，簡單易懂；...