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humann 1 的kegg 數(shù)據(jù)庫(kù)還是13的，和目前的kegg數(shù)據(jù)庫(kù)差異太大了
Qiime1-18.HUMAnN2分析通路
HUMAnN2是由Huttenhower組發(fā)布的，基于全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)用于計(jì)算基因豐度的軟件。本節(jié)我們要用其對(duì)PICRUSt產(chǎn)生KEGG gene數(shù)據(jù)進(jìn)行KEGG通路的分析。...
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關(guān)于人類參考基因組的一些認(rèn)識(shí)1. 如何選擇參考基因組？——李恒2017年年底博客 1.1 三種選擇 如果比對(duì)到GRCh37/hg19，使用： ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1...
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數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||典范對(duì)應(yīng)分析（CCA）典范對(duì)應(yīng)分析（canonical correspondence analusis, CCA），是基于對(duì)應(yīng)分析（CA）發(fā)展而來的一種排序方法，將對(duì)應(yīng)分析與多元回歸分析相結(jié)合，每...
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R語(yǔ)言之排序分析示例數(shù)據(jù)提取碼：szjy 1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 2. 模型選擇 根據(jù)看分析結(jié)果中Axis Lengths的第一軸的大小 如果大于4.0,就應(yīng)選CCA（基于單峰模型，典范對(duì)應(yīng)分析） ...
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pearson與spearman相關(guān)系數(shù)的比較相關(guān)性（correlation）是指兩個(gè)隨機(jī)變量之間的關(guān)系，可以衡量?jī)蓚€(gè)變量間關(guān)系的強(qiáng)弱和方向。一般我們常用的是皮爾森相關(guān)系數(shù)和斯皮爾曼相關(guān)系數(shù)。 皮爾森相關(guān)系數(shù)（pears...
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R語(yǔ)言中dnorm, pnorm, qnorm與rnorm以及隨機(jī)數(shù)
--title: R語(yǔ)言中dnorm, pnorm, qnorm與rnorm以及隨機(jī)數(shù)date: 2018-09-07 12:02:00type: "tags"tags: 隨...
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Probability(概率) vs Likelihood(似然)寫在前面的廢話 這部分內(nèi)容，是半年前就有詢問的知識(shí)點(diǎn)，沒想到我的拖延癥如此嚴(yán)重，硬生生的讓我把這篇稿子從19年拖到了20年。 但是有失必有得，雖然拖延，但是我對(duì)于這兩個(gè)知識(shí)點(diǎn)...
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R成精系列-一頁(yè)多圖在許多時(shí)候，我們需要將多張圖表放在一起，當(dāng)然我們可以用PS來處理，但是作為一個(gè)R的Master，怎么可能容忍這種事情發(fā)生。本文總結(jié)了如何在一頁(yè)放多張繪畫，供大家參考。在網(wǎng)友的...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 說起軌跡推斷，很多人的第一印象就是monocle的軌跡圖，大概率是長(zhǎng)這樣子的： 如果說單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中的分群是...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類scanpy 是一個(gè)用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組（single cell rna sequencing)數(shù)據(jù)的python庫(kù)，文章2018發(fā)表在Genome Biology。其實(shí)它的...
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《基因的生物信息學(xué)分析》借助高通量測(cè)序和生物信息學(xué)分析，解碼生物基因組，揭示生命奧秘。
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「r<-統(tǒng)計(jì)」統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)函數(shù)匯總資料來源：《R 語(yǔ)言核心技術(shù)手冊(cè)》和 R 文檔數(shù)據(jù)基本來自胡編亂造 和 R 文檔 本文基本囊括了常用的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)在 R 中的實(shí)現(xiàn)函數(shù)和使用方法。 連續(xù)型數(shù)據(jù) 基于正態(tài)分布的檢驗(yàn)...
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多組學(xué)聯(lián)合分析-Matrix eQTL找到Matrix eQTL這個(gè)包，看下文章Matrix eQTL: ultra fast eQTL analysis via large matrix operations（...
