最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書(shū)推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
-
聊聊“基因組共線性” -
第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
由于基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制的復(fù)雜性，多種組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析，從不同的層面探究生物問(wèn)題越來(lái)越重要。從RNA-Seq層面，我們可以探究哪些基因具有顯著差異，上調(diào)或下調(diào)；從ChIP-Se...
-
ChIP-seq實(shí)踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實(shí)戰(zhàn)之前，首先對(duì)CHIP-seq分析做一些了解，以下是從各個(gè)地方copy過(guò)來(lái)綜合起來(lái)的，有些散亂，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
-
-
全基因組關(guān)聯(lián)分析學(xué)習(xí)資料（GWAS tutorial）
前言 很多人問(wèn)我有沒(méi)有關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）原理的書(shū)籍或者文章推薦。 其實(shí)我個(gè)人覺(jué)得，做這個(gè)分析，先從跑流程開(kāi)始，再去看原理。 為什么這么說(shuō)呢，因?yàn)閷?duì)于初學(xué)者來(lái)說(shuō)，...
-
玉米全基因關(guān)聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因組關(guān)聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論，通過(guò)表型與基因型關(guān)聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關(guān)聯(lián)標(biāo)記。 1. 軟件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mr...
-
常用GWAS統(tǒng)計(jì)方法和模型簡(jiǎn)介本文是百邁客GWAS生物信息培訓(xùn)課程學(xué)習(xí)筆記第二篇，第一篇請(qǐng)參考GWAS基本分析內(nèi)容 這里首先介紹了GWAS分析中常用的統(tǒng)計(jì)學(xué)概念： 1. 假設(shè)檢驗(yàn) 零假設(shè)(H0,null ...
-
SNP功能注釋網(wǎng)站合集這篇文章是對(duì)SNP位點(diǎn)功能注釋在線網(wǎng)站的一個(gè)總結(jié)帖。 軟件排名不分先后，優(yōu)先順序可以看推薦指數(shù)。 彩蛋在最后，請(qǐng)堅(jiān)持看完 1、GWAS4D, 推薦指數(shù)：**** 網(wǎng)址：htt...
