主要關注于脊椎動物適應性進化與比較基因組學研究<br>簡書原賬號：WhyDoWeAge
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關于共線性分析的微信/簡書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
由于基因表達調(diào)控機制的復雜性，多種組學數(shù)據(jù)的整合分析，從不同的層面探究生物問題越來越重要。從RNA-Seq層面，我們可以探究哪些基因具有顯著差異，上調(diào)或下調(diào)；從ChIP-Se...
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ChIP-seq實踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實戰(zhàn)之前，首先對CHIP-seq分析做一些了解，以下是從各個地方copy過來綜合起來的，有些散亂，是我認為重要以及應該了解的知識點。chip-seq 實戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
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中科院上海生科院碩博連讀生。<br>
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不常上線，有事可以找@547的小書童呀
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生信工作者。
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2. BSA的原理BSA（Bulked Segregant Analysis），集群分離分析或分離群體分組分析法。兩個特點：1. 混池2. 性狀分離所以，BSA可以稱之為分析有性狀分離的群體分...
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全基因組關聯(lián)分析學習資料（GWAS tutorial）
前言 很多人問我有沒有關于全基因組關聯(lián)分析（GWAS）原理的書籍或者文章推薦。 其實我個人覺得，做這個分析，先從跑流程開始，再去看原理。 為什么這么說呢，因為對于初學者來說，...
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玉米全基因關聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因組關聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論，通過表型與基因型關聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關聯(lián)標記。 1. 軟件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mr...
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常用GWAS統(tǒng)計方法和模型簡介本文是百邁客GWAS生物信息培訓課程學習筆記第二篇，第一篇請參考GWAS基本分析內(nèi)容 這里首先介紹了GWAS分析中常用的統(tǒng)計學概念： 1. 假設檢驗 零假設(H0,null ...
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SNP功能注釋網(wǎng)站合集這篇文章是對SNP位點功能注釋在線網(wǎng)站的一個總結(jié)帖。 軟件排名不分先后，優(yōu)先順序可以看推薦指數(shù)。 彩蛋在最后，請堅持看完 1、GWAS4D, 推薦指數(shù)：**** 網(wǎng)址：htt...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
