??最近一直在學習單細胞方面的知識，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學習了一下。發(fā)現(xiàn)Sta...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實現(xiàn)方式 -
Seurat取子集時會用到的函數(shù)和方法在單細胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細胞類型后，除了可以進行差異表達基因分析外，還可以針對單個細胞類型進行分析特定分析，這時就需要我們提取細胞子集分開處理...
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DoubletFinder 去除雙細胞
1. 參考資料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.ji...
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R package：WGCNA加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析1.安裝 載入WGCNA包時會發(fā)現(xiàn)部分包沒有安裝需要手動安裝 打開多線程 2.導入數(shù)據(jù) 2.1 矩陣轉(zhuǎn)置 2.2 查看 3 檢查離群樣本 4 選...
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2019-08-28第七天：關(guān)于SCENIC的使用教程
文章來源：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering git...
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SCENIC | 從單細胞數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細胞類型
在2019/08/07的Nature刊中，中科院景乃禾課題組發(fā)表了文章——Molecular architecture of lineage a...
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SCENIC
安裝相關(guān)： 在服務(wù)器上安裝SCopeLoomR時，輸入如下 devtools::install_github("aertslab/SCopeLo...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組WGCNA到底應(yīng)該怎么做？在做單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時候，獲得分群后我們希望知道每個群的marker基因是什么以此來描述細胞群的特征。其技術(shù)本質(zhì)就是利用某種規(guī)則獲得樣本（...
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ggplot2 - 柱狀圖簡介 柱狀圖一般用于，當我們都有一組分類變量以及每個類別的定量值，而我們關(guān)注的主要重點是定量值的大小時。 應(yīng)該在柱狀圖背景保留橫網(wǎng)格線，便于比較...
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測序結(jié)果概覽：基因表達量rank瀑布圖，高密度表達相關(guān)性散點圖，注釋特定基因及errorbar的表達相關(guān)性散點圖繪制這是ggplot2可視化專題的第一個實例操作 ggplot2的基本思路見前文總論：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1737822/%E5%9B%BE%E7%89%871.png', '推薦專題《10X genomics》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/d07080a9c90f?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}