生存分析 K-M分析 定義：KM分析即乘積極限法（product-limit method），是現(xiàn)在生存分析最常用的方法。是由Kaplan和Meier于1958年提出，因此稱...
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公眾號(hào)-科研私家菜學(xué)習(xí)記錄（6）
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公眾號(hào)-科研私家菜學(xué)習(xí)記錄（5）
交叉驗(yàn)證與模型選擇 定義：亦稱循環(huán)估計(jì)，是一種統(tǒng)計(jì)學(xué)上將數(shù)據(jù)樣本切割成較小子集的實(shí)用方法?？梢韵仍谝粋€(gè)子集上做建模分析，而其它子集則用來做后續(xù)對(duì)此分析的效果評(píng)價(jià)及驗(yàn)證。一開始...
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公眾號(hào)-科研私家菜學(xué)習(xí)記錄（4）
嶺回歸 定義：嶺回歸，又稱脊回歸、吉洪諾夫正則化（Tikhonov regularization），是對(duì)不適定問題（ill-posed problem)進(jìn)行回歸分析時(shí)最經(jīng)常使...
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公眾號(hào)-科研私家菜學(xué)習(xí)記錄（3）
無序多分類Logistic回歸 定義：研究的因變量類型為多分類無序資料，應(yīng)采用多分類無序Logistic回歸模型分析。（有序多分類Logistic回歸模型在調(diào)整連接函數(shù)后仍不...
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公眾號(hào)-科研私家菜學(xué)習(xí)記錄（2）
泊松回歸 定義：當(dāng)因變量是單位時(shí)間某事件的發(fā)生次數(shù)時(shí)就應(yīng)該考慮用泊松回歸，比如想研究的因變量是過去一個(gè)月病人發(fā)生腦卒中的次數(shù)，就考慮用泊松回歸。 分析代碼： OR值計(jì)算
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公眾號(hào)-科研私家菜學(xué)習(xí)記錄（1）
廣義線性模型 線性模型的擴(kuò)展，通過聯(lián)結(jié)函數(shù)建立響應(yīng)變量的數(shù)學(xué)期望值與線性組合的預(yù)測(cè)變量之間的關(guān)系。其特點(diǎn)是不強(qiáng)行改變數(shù)據(jù)的自然度量，數(shù)據(jù)可以具有非線性和非恒定方差結(jié)構(gòu)。是線性...
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科研作圖學(xué)習(xí)-3
通道的概念 RGB真彩圖片，分別成為紅綠藍(lán)通道，并用這三原色組成其他顏色 Overlay（紅藍(lán)圖片為例） 新建大小與單通道相同，背景色為黑色的PSD文件 打開單通道圖片，選中...
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R語言學(xué)習(xí)筆記精選
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Linux及相關(guān)生信技能筆記
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生信在線數(shù)據(jù)庫
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視頻在https://www.bilibili.com/video/av49363776 ，如果大家R語言能力不夠，就主要學(xué)習(xí)網(wǎng)頁工具 https://www.cbioportal.org/ 等等，如果R語言還行，就看代碼: https://github.com/jmzeng1314/tcga_example 如果確實(shí)有需要，還可以看看我們的付費(fèi)內(nèi)容：地址是 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/index.html
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來的流程 ?? ?? ??
