1. 軟件作用 目前葉綠體基因組分析軟件與在線網站十分豐富，但是集成式、流程化的軟件比較少，往往要使用多個網站或生信軟件才能完成分析，CPStools通過集成多種葉綠體基因組...
IP屬地：湖北
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CPStools的學習與使用
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您好，這里是比較完整的步驟https://zhuanlan.zhihu.com/p/422628637
在NCBI上上傳葉綠體基因組
Bankit（也可使用該項上傳trnl-F序列） 在使用Bankit上傳葉綠體基因組時還需要準備一些前提文件： 第一個：...
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可變剪切分析及可視化可變剪切的可視化 ggsashimi.py 從github https://github.com/guigolab/ggsashimi[https://github.com/...
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IGV繪制壽司圖（sashimi plot）前言： IGV（Integrative Genomics Viewer基因組瀏覽器）是一個將基因組學數據可視化的可交互工具，具有圖形界面，高性能且易于使用?？捎糜谡故竞筒榭椿?..
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葉綠體基因組組裝軟件getorganelle安裝與使用1.安裝getorganelle 2.安裝葉綠體基因組等數據庫 小插曲：在安裝參考基因組時發(fā)現報錯：ERROR: Blast is not available!當時以為是bl...
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不過這個軟件不是很大，可以考慮在windows上裝個linux的虛擬機
ITSx軟件的安裝（提取ITS序列）
該軟件可以自動從序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并標注位置，下面是這款軟件的安裝與使用方法。第一步 拼接核糖體基因組 第二步 下載ITSx安裝包 第三步 安裝軟件...
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@Hi彭于晏 emm，這好像是不行的
ITSx軟件的安裝（提取ITS序列）
該軟件可以自動從序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并標注位置，下面是這款軟件的安裝與使用方法。第一步 拼接核糖體基因組 第二步 下載ITSx安裝包 第三步 安裝軟件...
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R語言——相關性分析和熱圖繪制參考鏈接：https://mp.weixin.qq.com/suT5X_RbAildMmDM0W3R0sg[https://mp.weixin.qq.com/suT5X_Rb...
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@晚餐肉 您好，這里的sepcific_species是您所需要構建的系統發(fā)育樹中的外類群哦，就看您的外類群是哪個了。
使用orthofinder查找單拷貝基因并建樹
本文主要是對這篇文章利用orthofinder尋找單拷貝基因構建系統發(fā)育樹 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/52c2...
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STRING中做蛋白質互作（PPI）網絡調控圖及GO、KEGG分析1.什么是蛋白互作？ 在轉錄調控相關的文獻中，我們經常能夠看到這樣的蛋白質相互作用網絡（proteinprotein interaction network，PPInetwo...
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看了下，我寫的確實是有一點跳躍，很多基礎知識我沒有寫出來。其實也可以不用這么麻煩，如果你的服務器上安裝了conda或者miniconda,就可以使用conda install -c bioconda itsx=1.1.3命令進行安裝,可以節(jié)省很多不必要的麻煩，安裝完成后可以直接使用ITSx -i test.fasta -o test命令進行提取，其中-i后是輸入文件，即你想要鑒定的序列，-o后是輸出文件的前綴
ITSx軟件的安裝（提取ITS序列）
該軟件可以自動從序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并標注位置，下面是這款軟件的安裝與使用方法。第一步 拼接核糖體基因組 第二步 下載ITSx安裝包 第三步 安裝軟件...
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@云巔之上 這種情況是不是考慮一下重新測序一下呢，我也遇見過這種情況，實在沒辦法了重新送樣補測的
在NCBI上上傳葉綠體基因組
Bankit（也可使用該項上傳trnl-F序列） 在使用Bankit上傳葉綠體基因組時還需要準備一些前提文件： 第一個：...
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@吃個核桃補補腦 好的，謝謝建議，本人菜鳥一枚，怕出錯所以才搞這么復雜
黃酮合成通路基因鑒定軟件gfanno安裝與使用
1. 背景 該軟件使用HMMSearch和BLASTP的經典注釋流程，為了確保提供注釋參數的準確性，使用11種雙子葉植物、7種單子葉植物和2種基部被子植物基因組構建了三個數據...
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@云巔之上 可能不行，因為NCBI他們現在檢測比較嚴格，除了ATCG外的其他字符不能識別，建議更換軟件或者調一下參數重新拼接下
在NCBI上上傳葉綠體基因組
Bankit（也可使用該項上傳trnl-F序列） 在使用Bankit上傳葉綠體基因組時還需要準備一些前提文件： 第一個：...
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黃酮合成通路基因鑒定軟件gfanno安裝與使用
1. 背景 該軟件使用HMMSearch和BLASTP的經典注釋流程，為了確保提供注釋參數的準確性，使用11種雙子葉植物、7種單子葉植物和2種基部被子植物基因組構建了三個數據...