發(fā)簡信
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簡書答疑公告
其實(shí)我轉(zhuǎn)移到了別的平臺，簡書很久才看一次，評論看到的時(shí)候基本已經(jīng)過去很多天，另外平時(shí)工作繁忙，很少有功夫回復(fù)。如果是跟我的教程學(xué)習(xí)，有卡住的情況...
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R語言取整和四舍五入函數(shù)匯總
在數(shù)據(jù)分析時(shí)，經(jīng)常需要對數(shù)字進(jìn)行取整或者四舍五入。R 語言里有幾個(gè)常用的相關(guān)函數(shù)：ceiling()、floor()、trunc()、round...
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聊一聊TCGA那些生存期一點(diǎn)背景知識 其實(shí)生存分析不只有總生存期，TCGA可以很方便的分析的有： OS (Overall Survival) 總生存期: 0 = 患者存...
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有的難度是想象出來的，這樣這樣再這樣不就解決啦！1.問題數(shù)據(jù) 學(xué)員遇到一個(gè)有問題的基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù)： 可以看到這個(gè)數(shù)據(jù)有兩個(gè)問題：數(shù)值大小都在0附近，里面還有NA 2.探索原因 在GSE頁面上...
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百萬級別的單細(xì)胞數(shù)據(jù)是怎樣完成注釋的（R）1.背景知識 細(xì)胞數(shù)量太大時(shí)，單純的一次降維聚類分群是無法搞定的，所以需要二次分群然后把注釋的結(jié)果重新放回原來的對象中。 2.加載數(shù)據(jù) sce....
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python版的singler單細(xì)胞注釋工具網(wǎng)上可以搜到大量的R語言singleR的代碼和教程，但python版的就比較少啦，恭喜你找到了我。 1.文件讀取 輸入的數(shù)據(jù)是10X標(biāo)準(zhǔn)的三個(gè)文...
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gseapy-python版的富集分析本文比較長，長到需要一個(gè)目錄ORA1.輸入數(shù)據(jù)之基因2.輸入數(shù)據(jù)之基因集合2.1 可以是預(yù)設(shè)的基因集合名稱2.2 可以是來自msigdb網(wǎng)站的g...
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python單細(xì)胞數(shù)據(jù)的基因集打分1.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 隨便一個(gè)h5文件即可。我這里使用的是pbmc3k，scanpy推文最后生成的文件就是它。 2.獲取用于評分的基因集合 基本上...
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