1. 機(jī)器學(xué)習(xí)的主要分類 2. 機(jī)器學(xué)習(xí)的主要流程 3 數(shù)據(jù)預(yù)處理 數(shù)據(jù)預(yù)處理指當(dāng)錄入或讀取數(shù)據(jù)后，對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行必要的清理，包括查錯(cuò)糾錯(cuò)、異常觀察值和無效樣本的處理、轉(zhuǎn)換、填補(bǔ)...
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機(jī)器學(xué)習(xí)在基因組學(xué)中的應(yīng)用 -
UMAP圖上同時(shí)展示多個(gè)marker基因
最近有小伙伴問道一個(gè)問題，如何在一個(gè)單細(xì)胞UMAP/TSNE圖上展示多個(gè)marker基因的表達(dá)，乍一看挺簡單的，后來也是思考了一些時(shí)間，慢慢解決了這個(gè)問題。 首先，Seura...
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跟著Nature Genetics學(xué)作圖：R語言ggplot2普通箱線圖/分組箱線圖/分面箱線圖論文 Plasma proteome analyses in individuals of European and African ancestry identify ci...
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使用randomForest包進(jìn)行隨機(jī)森林分析1. 簡介 隨機(jī)森林是機(jī)器學(xué)習(xí)中的一種分類算法，這個(gè)算法在之前分享的TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評(píng)估[http://www.itdecent.cn/p/334254...
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基因相關(guān)性+藥物敏感性分析①高低風(fēng)險(xiǎn)組某基因表達(dá)量差異分析 ②藥物敏感性分析 安裝 pRRophetic 包，首先要安裝它的依賴包 依賴包安裝成功后，從本地安裝pRRophetic壓縮包 安裝好之后我...
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用隨機(jī)森林算法進(jìn)一步篩選差異表達(dá)基因前言 很多時(shí)候，我們分析完差異表達(dá)基因后，發(fā)現(xiàn)會(huì)得到一大堆差異基因，常見的做法有降低Pvalue的閾值，挑選fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對(duì)小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝?，很多時(shí)候...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的基因，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
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CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
