hello，大家好，最近呢，10X單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組 + 10X單細(xì)胞ATAC的多組學(xué)測(cè)序技術(shù)日漸成熟，因?yàn)檫@樣技術(shù)同時(shí)可以獲得一個(gè)細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄組信息和ATAC的信息，所以很多...
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10X單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組 + 10X單細(xì)胞ATAC的聯(lián)合分析（WNN） -
三種Monocle3安裝教程
1. 官方教程 按照官方教程安裝會(huì)出現(xiàn)一堆bug（包括版本依賴，底層庫(kù)的缺失，C++源碼語(yǔ)法與編譯器的不兼容兼容，以及編譯器編譯過(guò)程中的不確定錯(cuò)誤），建議在嘗試一天之后及時(shí)停...
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深入理解R包AUcell對(duì)于分析單細(xì)胞的作用首先我們來(lái)看看對(duì)AUcell的介紹AUCell可以識(shí)別單細(xì)胞RNA序列數(shù)據(jù)中具有活躍基因集（例如signatures，基因模塊...）的細(xì)胞。 AUCell使用“曲線下面積”...
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差分網(wǎng)絡(luò)分析DiffCoEx
簡(jiǎn)介 WGCNA網(wǎng)絡(luò)分析以后，我們可以對(duì)一些sample構(gòu)建出共表達(dá)的網(wǎng)絡(luò)，那么這里有一個(gè)問(wèn)題，那就是不同處理下的sample（比方說(shuō)treat和control），它們的共表...
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ggplot畫(huà)各種橢圓受啟發(fā)與某群的討論，今天來(lái)玩一下用ggplot畫(huà)個(gè)小橢圓 ggplot畫(huà)置信橢圓 我們之前介紹了置信橢圓的畫(huà)法，參見(jiàn)置信橢圓與R畫(huà)法，我們介紹了利用ggplot來(lái)畫(huà)橢圓，我們...
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單細(xì)胞與GWAS數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析復(fù)雜性狀的細(xì)胞類型表達(dá)特異性整合（CELLECT）是一個(gè)計(jì)算工具包，用于識(shí)別復(fù)雜性狀潛在的可能病因細(xì)胞類型。CELLECT利用現(xiàn)有的遺傳優(yōu)先級(jí)模型，在識(shí)別可能的病因細(xì)胞類型時(shí)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的跨物種分析文章信息 作者信息 摘要： 使用scRNA測(cè)序分析成千上萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞的能力徹底改變了細(xì)胞和發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域，為跨許多物種的細(xì)胞類型和功能的多樣性提供了令人難以置信的見(jiàn)解。這些技術(shù)...
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單細(xì)胞互作分析-cellphonedb前言： 大家好，今天我們一起學(xué)習(xí)一下如何利用CellphoneDB對(duì)單細(xì)胞分析結(jié)果進(jìn)行互作分析，當(dāng)前CellphoneDB的最新版本是4.0.0，可以對(duì)單細(xì)胞中不同細(xì)胞群水平...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開(kāi)始筆記之前我只想吐槽一下，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯(cuò)的離譜！?。「鞣N報(bào)錯(cuò)報(bào)的我懷疑人生。。。 第四節(jié) 比對(duì)結(jié)果過(guò)濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對(duì)質(zhì)量過(guò)濾比對(duì)上的【可選步驟】 ...
