發(fā)簡信
IP屬地：上海
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統(tǒng)計(jì)繪圖 | 這個(gè)能不能作為【火山圖】？1. 火山圖？ 之前瞥到了小明的 跟著Cell學(xué)作圖：R語言ggplot2作圖展示差異表達(dá)的基因[http://www.itdecent.cn/p/ed1882db13d8...
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分析 | GO 富集分析
從研一來到組里，一直聽到 GO 富集分析幾個(gè)字。直到現(xiàn)在，研二基本結(jié)束了，我都沒做過，也不會做。有一個(gè)大概的認(rèn)識，就是，自己的基因集中某種功能基因的占比要高于這種功能的基因在...
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分析 | 比較基因組 | 共線性分析
網(wǎng)上已經(jīng)有很多教程，自己嘗試梳理。 共線性分析，你會想到什么？基于蛋白編碼基因1.1 MCScanX[https://github.com/wyp1125/MCScanX] ...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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分析 | kaks 計(jì)算
準(zhǔn)備文件：test.cds.fa、test.pep.fa 1. 分步計(jì)算 1.1 序列全局比對 注意：這里我將同源基因兩兩配對，在實(shí)際分析中選擇的是共線性塊的基因?qū)Α?1.2...
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基礎(chǔ) | 國際年代地層表https://stratigraphy.org/chart[https://stratigraphy.org/chart]，該表一直更新，還具有多種語言版本（英文版、中文版...
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腳本 | Shell | 提取每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的intron坐標(biāo)
即使原gff文件中沒有exon的信息，可以用 腳本 | Shell | 提取每個(gè)轉(zhuǎn)錄本exon坐標(biāo)[http://www.itdecent.cn/p/92ef215932b...
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很棒的分享加一
腳本 | R | 轉(zhuǎn)錄組 counts 2 tpm
看了一些文章，方法很多。比如先定義函數(shù)，再用sapply......。我是個(gè)只會用tidyverse的R低端用戶，而且定義函數(shù)過程中用到了log等一些數(shù)學(xué)計(jì)算，我不是很懂，只...
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腳本 | R | 轉(zhuǎn)錄組 counts 2 tpm
看了一些文章，方法很多。比如先定義函數(shù)，再用sapply......。我是個(gè)只會用tidyverse的R低端用戶，而且定義函數(shù)過程中用到了log等一些數(shù)學(xué)計(jì)算，我不是很懂，只...
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腳本 | R | 每個(gè)基因在不同處理下表達(dá)量的相關(guān)系數(shù)
通常求表達(dá)量的相關(guān)系數(shù)，是每兩個(gè)樣本間或每兩個(gè)基因間的，最后得到相關(guān)性矩陣。但是我想求一個(gè)基因在不同處理下的相關(guān)系數(shù)，或者特定的一對基因之間相關(guān)系數(shù)，怎么辦？ 方法1. t...
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不錯(cuò)，我用上了
腳本 | Shell | awk直接根據(jù)列名處理數(shù)據(jù)框
1. awk直接根據(jù)列名處理數(shù)據(jù)框 R中tidyverse處理數(shù)據(jù)框非常方便，可以根據(jù)列名操作相應(yīng)的列。awk 總是根據(jù)$n來操作第n列，當(dāng)列數(shù)太多怎么辦？怎么直接根據(jù)列名操...
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腳本 | Shell | awk直接根據(jù)列名處理數(shù)據(jù)框
1. awk直接根據(jù)列名處理數(shù)據(jù)框 R中tidyverse處理數(shù)據(jù)框非常方便，可以根據(jù)列名操作相應(yīng)的列。awk 總是根據(jù)$n來操作第n列，當(dāng)列數(shù)太多怎么辦？怎么直接根據(jù)列名操...
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日常 | 2021-08-30 | Julia
網(wǎng)址：https://julialang.org/[https://julialang.org/] 下載安裝添加環(huán)境變量 julia 進(jìn)入交互界面， ctrl + d 退出 ...
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R | R入門の想法 + tidyverse
之前一直不知道該如何學(xué)R，一直用awk等命令進(jìn)行數(shù)據(jù)處理。 最開始看的《R語言實(shí)戰(zhàn)》，了解了工作目錄，數(shù)據(jù)類型，數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)等； 后來看《R數(shù)據(jù)科學(xué)》（網(wǎng)上可搜中文版pdf，英文...
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腳本 | Python | 操作OrthoFinder結(jié)果Orthogroups.tsv
持續(xù)更新...... 針對OrthoFinder[https://github.com/davidemms/OrthoFinder]的結(jié)果Results_*/Orthogro...
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工具 | bioawk
會一點(diǎn)awk很容易上手 1. 介紹 https://github.com/lh3/bioawk[https://github.com/lh3/bioawk] 2. 安裝 3....
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不錯(cuò)，很有用的內(nèi)容
三劍客 | awk
我剛開始一直不理解 awk 的語法，后來看師兄的代碼，加上天天敲，有了點(diǎn)提高。 師兄在 2020-07-03 常用有趣命令之?dāng)?shù)據(jù)處理[https://www.jianshu....
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三劍客 | grep
使用 grep、sed、awk 等命令，要注意正則表達(dá)式的靈活使用 Global Search Regular Expression and Print out the li...
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服務(wù)器管理 | ip 沖突
幾個(gè)月前的服務(wù)器大轉(zhuǎn)移事件 具體情況服務(wù)器搬進(jìn)機(jī)房后，配置了固定ip。遠(yuǎn)程連接，十幾秒后斷開。繼續(xù)嘗試，偶爾可以再連接上十幾秒。 解決途徑 連接超時(shí)網(wǎng)上大多數(shù)都是【連接超時(shí)】...
