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發(fā)簡(jiǎn)信
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R語(yǔ)言| 亞組分析森林圖（基于HR結(jié)果） -
橫表變?yōu)樨Q表
library(tidyr)from=c("O1","O2","O3")D1=c(7,7,2)D2=c(3,2,0)D3=c(9,8,2)D4=c(3,2,10)df=dat...
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任意比較某一年的生存率差異的方法得到每組對(duì)應(yīng)的某一年的生存率值 我們知道log-rank比較的是整體的生存率，那當(dāng)我們需要比較某個(gè)時(shí)間節(jié)點(diǎn)的生存率時(shí)候（比如某個(gè)基因陰性陽(yáng)性兩組的2年生存率）先用spss或者...
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GEO/TCGA數(shù)據(jù)是否需要標(biāo)準(zhǔn)化的問(wèn)題一.對(duì)于芯片數(shù)據(jù)： GEO中的Series Matrix File(s)通常是經(jīng)過(guò)了標(biāo)準(zhǔn)化和對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)，但是不是所有的都是 具體判斷方法： 表達(dá)量是否需要重新標(biāo)準(zhǔn)化： 可...
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使用ComplexHeatmap包繪制熱圖加載所需R包 構(gòu)建測(cè)試數(shù)據(jù)集 使用Heatmap函數(shù)繪制熱圖 使用HeatmapAnnotation函數(shù)構(gòu)建注釋對(duì)象 使用add_heatmap函數(shù)組合多個(gè)熱圖或注釋信息 r...
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KEGG PATHWAY分析及畫(huà)圖用david轉(zhuǎn)換成ENTREZID基因 對(duì)KEGG富集結(jié)果可視化 畫(huà)出來(lái)選定某一通路的圖形 畫(huà)出來(lái)選定某一通路的圖形，我們的基因集中在該通路出現(xiàn)的基因變成綠色顯示在該通路中
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@小潔忘了怎么分身 哈哈，小潔老師好
TCGA突變數(shù)據(jù)挖掘：把樣本整理為突變型或野生型
一從TCGA下載突變信息 這里下載的是maf文件 二把樣本根據(jù)是否突變分為野生型和突變型 可以看到包含了突變基因和對(duì)應(yīng)的樣本 最后 感謝jimmy的生信技能樹(shù)團(tuán)隊(duì)！ 感謝導(dǎo)師...
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哈哈，真的是，厲害了小潔老師
TCGA-3.GDC數(shù)據(jù)整理-后續(xù)（含情感體驗(yàn)）
書(shū)接第二回TCGA-2.GDC數(shù)據(jù)整理，留下了一個(gè)大坑，GDC下載的數(shù)據(jù)整理出來(lái)表達(dá)矩陣是缺少行名的。 手癢的我要?jiǎng)邮至恕?加行名并不容易，我搗鼓了好久啊。 思路 1.表達(dá)矩...
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TCGA-3.GDC數(shù)據(jù)整理-后續(xù)（含情感體驗(yàn)）書(shū)接第二回TCGA-2.GDC數(shù)據(jù)整理，留下了一個(gè)大坑，GDC下載的數(shù)據(jù)整理出來(lái)表達(dá)矩陣是缺少行名的。 手癢的我要?jiǎng)邮至恕?加行名并不容易，我搗鼓了好久啊。 思路 1.表達(dá)矩...
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相關(guān)性分析及可視化R筆記近日，因宿舍小趙同學(xué)看文章，看到一張關(guān)于相關(guān)性分析結(jié)果可視化的圖表，并對(duì)其表達(dá)含義表示了百思不得其解，于是在我們的男神428宿舍引發(fā)了一波生信小熱潮?？赡軐?duì)于大佬們來(lái)說(shuō)這是很...
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TCGA突變數(shù)據(jù)挖掘：把樣本整理為突變型或野生型一從TCGA下載突變信息 這里下載的是maf文件 二把樣本根據(jù)是否突變分為野生型和突變型 可以看到包含了突變基因和對(duì)應(yīng)的樣本 最后 感謝jimmy的生信技能樹(shù)團(tuán)隊(duì)！ 感謝導(dǎo)師...
