請(qǐng)一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實(shí)踐，當(dāng)然如果能對(duì)你有所幫助那就更好了，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
IP屬地：寧夏
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋 -
生信 | circos文件準(zhǔn)備大全（以擬南芥為例）一、寫在前面 扣扣群：559758504（目前無需驗(yàn)證，一鍵即可加入） 如果你不想學(xué)，老板又催著要，你可以加群私聊我尋求幫助( $ _ $ )，但還是自己學(xué)，知識(shí)都是自己的。...
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「2022-01-04更新」HiC軟件安裝篇之Lachesis2022-01-04 update: 更新了一些錯(cuò)誤集錦 Lachesis是希臘神話眾神之一，負(fù)責(zé)決定生命之線的長(zhǎng)度。但是咱們這個(gè)lachesis是2013年發(fā)表在natur...
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從0開始的RNA-seq教程
本次RNA-seq分析目標(biāo)明確，得到基因的表達(dá)矩陣即可，不涉及其他分析。 樣本：植物的葉和莖的轉(zhuǎn)錄組；測(cè)序方法：雙端測(cè)序；有參考基因組文件 1.數(shù)據(jù)質(zhì)控拿到測(cè)序數(shù)據(jù)，第一步進(jìn)...
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Linux Sort 按照某一列排序
轉(zhuǎn)載：https://segmentfault.com/a/1190000005713784sort是在Linux里非常常用的一個(gè)命令，管排序 sort將文件的每一行作為一個(gè)...
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Jalview使用方法（1）——多序列比對(duì)今天我們介紹一款全平臺(tái)可以使用的多序列比對(duì)工具，那就是Jalview，它的功能非常強(qiáng)大，但是我們今天講解最基本的多序列比對(duì)及結(jié)果輸出。 1. 導(dǎo)入序列 你可以導(dǎo)入你的fast...
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無參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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RNA-seq從入門到自閉（Trimmomatic和Fastp）抱歉拖了這么久，主要是最后分析出來的數(shù)據(jù)跟某平臺(tái)對(duì)比后發(fā)現(xiàn)差了很多。無法解釋這個(gè)結(jié)果。用了幾個(gè)軟件測(cè)試，最后的結(jié)果都跟之前平臺(tái)的Exp結(jié)果對(duì)不上。最后猜測(cè)可能還是這套數(shù)據(jù)有問...
