應(yīng)該在他這篇文獻的附錄里
文獻：DOSE: an R/Bioconductor package for disease ontology semantic and enrichment analysis文獻時間 2015 摘要 DO以疾病的形式來對人類的基因進行注釋，對于聯(lián)系高通量數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù)有很重要的作用。DOSE是一個R包，提供基因和DO術(shù)語之間的語義相似度計算，使生...
IP屬地：河北
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@inputzlx 這個都差不多吧，我也都是從相關(guān)文獻看的
文獻：Cancer Statistics,2018
文獻時間 2018 摘要 每年，美國癌癥協(xié)會估計美國各州將會新增加的癌癥例和死亡例，然后將最新數(shù)據(jù)通過癌癥發(fā)生率，死亡率，存活率進行整合。癌癥發(fā)生的數(shù)據(jù)子2014年開始，由S...
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@inputzlx 這個沒注意
文獻：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis
文獻時間 2018 摘要 這篇文章的目的是鑒別潛在的與乳腺癌發(fā)病相關(guān)的基因。使用WGCNA來建立加權(quán)共表達網(wǎng)絡(luò)來探索臨床特征和基因集之間的關(guān)系，以及來鑒定候選的生物標記基因。...
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謝謝你的疑問。就是我感覺這類似硬閾值，我就會覺得為什么就是0.8來作為閾值，0.75行不行，0.85行不行，閾值選取沒有一個標準，讓人感覺就是為了選取而選取的。只是個人觀點，如果很多人用，可能有人經(jīng)過多次嘗試，經(jīng)驗上得到這個閾值比較好，也算有個說法。
文獻：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis
文獻時間 2018 摘要 這篇文章的目的是鑒別潛在的與乳腺癌發(fā)病相關(guān)的基因。使用WGCNA來建立加權(quán)共表達網(wǎng)絡(luò)來探索臨床特征和基因集之間的關(guān)系，以及來鑒定候選的生物標記基因。...
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文獻：Cancer Statistics,2018
文獻時間 2018 摘要 每年，美國癌癥協(xié)會估計美國各州將會新增加的癌癥例和死亡例，然后將最新數(shù)據(jù)通過癌癥發(fā)生率，死亡率，存活率進行整合。癌癥發(fā)生的數(shù)據(jù)子2014年開始，由S...
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文獻：Cancer Statistics in China, 2015
文獻時間 2016 摘要 癌癥的發(fā)生率和死亡率逐漸升高，已經(jīng)成為國內(nèi)造成死亡的主要原因，也是目前社會的主要健康問題。因為中國人口數(shù)目巨大（13.7億），所以使用1990年后的...
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文獻：Identification of key gene modules and pathways of human breast cancer by co-expression analysis
文獻時間 2017 摘要 背景 乳腺癌是一種十分長且而且嚴重的癌癥，世界范圍內(nèi)的女性都收到其傷害。對于乳腺癌，已經(jīng)有了基因表達的分析，但是基因共表達的分析手段仍然很少。我們嘗...
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文獻：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis
文獻時間 2018 摘要 這篇文章的目的是鑒別潛在的與乳腺癌發(fā)病相關(guān)的基因。使用WGCNA來建立加權(quán)共表達網(wǎng)絡(luò)來探索臨床特征和基因集之間的關(guān)系，以及來鑒定候選的生物標記基因。...
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文獻：DOSE: an R/Bioconductor package for disease ontology semantic and enrichment analysis
文獻時間 2015 摘要 DO以疾病的形式來對人類的基因進行注釋，對于聯(lián)系高通量數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù)有很重要的作用。DOSE是一個R包，提供基因和DO術(shù)語之間的語義相似度計算，使生...
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Bioconductor:DESeq2
摘要 測序產(chǎn)生的數(shù)據(jù)內(nèi)容為，每個樣本中，每個基因分配到多少個測序片段，各種類型的測序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC）產(chǎn)生的數(shù)據(jù)類似。RNA-seq數(shù)據(jù)分析的一個基...
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文獻：KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
文獻時間 1999 摘要 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一個用于基因功能系統(tǒng)分析的數(shù)據(jù)庫，將基因組信息與更有序...
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Bioconductor:clusterProfiler
準備工作 這里進行包的導(dǎo)入 基因ID類型的轉(zhuǎn)換 bitr轉(zhuǎn)換 參數(shù)： x：基因ID向量 fromType：目前基因ID類型 toType：目的轉(zhuǎn)換ID類型，可通過向量模式表示...
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文獻：Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expressi...
文獻時間 2005.08 摘要 RNA表達數(shù)據(jù)的分析越來越普遍，從中提取生物相關(guān)的信息是一個很大的挑戰(zhàn)。我們提供了一種方法，叫做基因集富集分析（GSEA），用來實現(xiàn)這個目標。...
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文獻：clusterProfiler: an R Package for Comparing Biological Themes Among Gene Clusters
文獻時間 2011 摘要 轉(zhuǎn)錄組和蛋白組測序數(shù)據(jù)不斷增多，這就需要一個綜合的分析策略。我們在此提供了一個R包，clusterProfiler，它將基因簇的富集分析和功能描述查...
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文獻：Gene Ontology: tool for the unification of biology
文獻時間 2000.5 摘要 已經(jīng)通過測序知道，生物學(xué)核心功能的相關(guān)基因是共享的，其對應(yīng)蛋白質(zhì)的功能在物種之間也有很高的相似度。Gene Ontology Consortiu...
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第五章 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
神經(jīng)元模型 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)指由具有適應(yīng)性的簡單單元組成的廣泛并行互連的網(wǎng)絡(luò)。其中的簡單單元就是神經(jīng)元，M-P神經(jīng)元模型是一個經(jīng)典并且沿用至今的模型，對于一個神經(jīng)元：其中代表其他神經(jīng)...
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第二章 模型評估與選擇
經(jīng)驗誤差與過擬合 首先在分類機器學(xué)習中，引入了兩個概念，錯誤率：分類錯誤的樣本數(shù)占總樣本數(shù)的比例。其表達式為：。其中a為分類錯誤樣本數(shù)，m為總樣本數(shù)。與之相對應(yīng)的就是精度：分...