寫在前面 基因組測序項目已然是幾乎所有課題組都可以負擔的水平。相比于幾年前火爆的通過轉錄組測序挖掘生物學問題策略，通過基因組，尤其是比較基因組分析，往往可以給我們帶來更多確定...
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教程 | 規(guī)模化物種同源基因分析 - orthofinder [上篇] -
OrthoFinder2：直系同源基因的尋找以及Orthogroup構建
OrthoFinder2算法解讀 1）基因樹的構建， 尋找序列之間的同源關系（相似度的計算）：diamond，blast，mmseq2 基因樹的推斷：DendroBLAST，...
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溯祖理論(coalescent theory)：Fisher-Wright模型以及中性溯祖參考文獻：Yang Z. 2014. Molecular evolution: a statistical approach. Oxford(England): Oxford...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計學問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標準化方法目錄 1. 標準化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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使用WGCNA進行meta-analysis
鑒于大量的轉錄組數(shù)據(jù)，可能出現(xiàn)的一個問題是“如果A組和B組都進行了轉錄組研究并報告了一些結果，這些結果的相容性如何？”目前基于轉錄組或芯片數(shù)據(jù)進行meta-analysis的...
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2021-08-19WGCNA確定目標模塊后如何找模塊內(nèi)的hubgene
WGCNA 分析確定重要模塊之后，如何找模塊內(nèi)的hubgene？ 想找hubgene,必須先理解其概念：網(wǎng)絡中處于核心位置的點（基因）。在WGCNA中，由于進行了無尺度化處理...
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一個跨物種研究關聯(lián)基因表達模式的好方法
作者：oct審稿：童蒙編輯：amethyst 一、基本概念 WGCNA（ Weighted correlation network analysis）譯為加權基因共表達網(wǎng)絡分...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
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WGCNA原理和分析流程WGCNA全稱weighted gene co-expression network analysis，即加權基因共表達網(wǎng)絡分析。它是一種分析多個樣本基因表達模式的分析方法，...
