轉(zhuǎn)座子數(shù)據(jù)庫(kù) ??上一篇《TEtranscripts：轉(zhuǎn)座子元件差異表達(dá)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzODI1MjYyNA==&...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：香港
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自制轉(zhuǎn)座子GTF -
WGCNA（轉(zhuǎn)載）
WGCNA原理及應(yīng)用 WGCNA介紹： WGCNA（weighted gene co-expression network analysis，權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析）是一種分...
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Seurat計(jì)算topN PC維度的貢獻(xiàn)率
?最近項(xiàng)目需要計(jì)算Seurat[1] (v3.1.2)進(jìn)行PCA降維后選取的top20 PC對(duì)數(shù)據(jù)的解釋度，但是發(fā)現(xiàn)Seurat自帶函數(shù)計(jì)算的結(jié)果并不能直接用來(lái)計(jì)算。 Run...
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作業(yè)管理系統(tǒng)
簡(jiǎn)介 在超算和集群中通常要使用作業(yè)管理系統(tǒng)，關(guān)于其介紹見(jiàn)維基百科[https://en.wikipedia.org/wiki/Job_scheduler#Batch_queu...
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在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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bedtools shuffle -incl 參數(shù)
bedtools shuffle 參數(shù)中 -excl 和-incl參數(shù) bedtools的具體使用可以在官網(wǎng)查詢。但-excl和-incl參數(shù)可能沒(méi)有講明白 -incl參數(shù)的...
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轉(zhuǎn)錄組分析-上下調(diào)基因條形圖
setwd("Desktop/transcriptom") library(ggplot2)kob <- read.csv("count - up and down regu...
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【小工具】智能合并測(cè)序數(shù)據(jù)fastq的腳本
介紹： 這是一個(gè)可以自動(dòng)合并數(shù)據(jù)的簡(jiǎn)易腳本 應(yīng)用場(chǎng)景： 有一批數(shù)據(jù)有三十幾個(gè)樣本,測(cè)序公司返回?cái)?shù)據(jù)時(shí)由于數(shù)據(jù)量不達(dá)標(biāo)，需要加測(cè)一次，部分樣本數(shù)據(jù)量還是不夠, 又加測(cè)一次才夠，...
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Fit-hic 2 通過(guò)hic數(shù)據(jù)檢測(cè)顯著性互作安裝官網(wǎng)中提到三種安裝方法，可通過(guò)conda, pip，git clone 安裝該軟件.我們這里利用conda,非常簡(jiǎn)單快速.1.1 conda創(chuàng)建環(huán)境 1.2 conda ...
