IP屬地：北京
-
day56 單細胞cellranger的問題一、在跑cellranger的過程中出了個問題。要琢磨一下怎么回事。 報錯：sequence and quality length mismat...
-
day54單細胞 cellranger處理Fastq文件10X文庫送測序后，從測序公司拿到的測序數(shù)據(jù)是fastq格式的，要經(jīng)過linux上跑cellranger程序，得到表達矩陣，才能做后面的功能分析...
-
day53 三組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析學習及參考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.wei...
-
day52 轉(zhuǎn)錄組 火山圖
接著day51，繼續(xù)作圖： 說明先設(shè)置pvalue和logFC的閾值根據(jù)閾值分別為上調(diào)基因設(shè)置‘up’，下調(diào)基因設(shè)置‘Down’，無差異設(shè)置‘N...
-
day51 轉(zhuǎn)錄組 DESeq2分析總結(jié)對day49，day50兩次學習的總結(jié)。拿到reads表達矩陣后，在自己電腦上用DESeq2這個R包進行數(shù)據(jù)分析。 一、先要準備表達矩陣和分組表...
-
day50 轉(zhuǎn)錄組 差異基因可視化接著day49 一、看看整體表達情況 原始矩陣為變量exprSet，是從txt文件讀入得到的數(shù)據(jù)框歸一化后矩陣為變量exprSet_new，用D...
-
day49 轉(zhuǎn)錄組 差異基因表達分析學習資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析得到表達矩陣之后就要考慮如何知道到差異表達基因（DEG），這個要在R中操作，具體是需要a...
-
day48 轉(zhuǎn)錄組 計數(shù)&表達矩陣轉(zhuǎn)錄組分析要用比對后的bam或sam文件進行后續(xù)計數(shù)。也就是對基因/轉(zhuǎn)錄本的區(qū)域上比對到的reads進行計數(shù)。最后算出來某個轉(zhuǎn)錄本或者外顯子上比...
-
day47 轉(zhuǎn)錄組 比對學習資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析 一、轉(zhuǎn)錄組比對常用軟件 轉(zhuǎn)錄組比對常用：hisat2、subjunct（subread...