1.加載數(shù)據(jù) 2.執(zhí)行默認(rèn)的差異表達(dá)測試 Seurat 的大部分差異表達(dá)特征可以通過“FindMarkers()”函數(shù)訪問。 默認(rèn)情況下，Seurat 基于非參數(shù) Wilco...
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單細(xì)胞測序之差異表達(dá)基因獲得方法
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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（RNA-seq工具比較）edgeR、limma、DESeq2三種差異表達(dá)包比較文章目錄 加載R包和輸入數(shù)據(jù) 表達(dá)數(shù)據(jù)整理3.edgeR包做差異表達(dá)4.limma包做差異表達(dá)5.DESeq2包做差異表達(dá)6.比較三種包差異表達(dá)基因篩選結(jié)果 1. 加載R包和...
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使用edgeR進(jìn)行無重復(fù)差異表達(dá)分析寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個(gè)坑 轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復(fù)的差異表達(dá)分析, 所以專門去學(xué)了edgeR 我個(gè)人是不太推薦...
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【客戶文獻(xiàn)解讀】基于iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)揭示了沙雷氏菌CM01的蛋白質(zhì)組學(xué)變化及Cr(Ⅵ)抗性機(jī)制
本期解讀 iTRAQ-based quantitative proteomic reveals proteomic changes in Serratia sp. CM01 ...
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組，與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄...
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【R畫圖學(xué)習(xí)22.1】進(jìn)化樹和氣泡組合圖今天學(xué)習(xí)繪制下面這個(gè)paper里面的一個(gè)圖。 從圖中，可以看出，圖片分成2個(gè)部分，左邊是進(jìn)化樹，右邊是類似氣泡圖。 下面我們用一組簡單的文件進(jìn)行測試： 進(jìn)化樹文件： (((A...
