1.加載數(shù)據(jù) 2.執(zhí)行默認(rèn)的差異表達(dá)測(cè)試 Seurat 的大部分差異表達(dá)特征可以通過“FindMarkers()”函數(shù)訪問。 默認(rèn)情況下，Seurat 基于非參數(shù) Wilco...
發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞測(cè)序之差異表達(dá)基因獲得方法
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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（RNA-seq工具比較）edgeR、limma、DESeq2三種差異表達(dá)包比較文章目錄 加載R包和輸入數(shù)據(jù) 表達(dá)數(shù)據(jù)整理3.edgeR包做差異表達(dá)4.limma包做差異表達(dá)5.DESeq2包做差異表達(dá)6.比較三種包差異表達(dá)基因篩選結(jié)果 1. 加載R包和...
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使用edgeR進(jìn)行無重復(fù)差異表達(dá)分析寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個(gè)坑 轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復(fù)的差異表達(dá)分析, 所以專門去學(xué)了edgeR 我個(gè)人是不太推薦...
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【客戶文獻(xiàn)解讀】基于iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)揭示了沙雷氏菌CM01的蛋白質(zhì)組學(xué)變化及Cr(Ⅵ)抗性機(jī)制
本期解讀 iTRAQ-based quantitative proteomic reveals proteomic changes in Serratia sp. CM01 ...
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組，與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄...
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【R畫圖學(xué)習(xí)22.1】進(jìn)化樹和氣泡組合圖今天學(xué)習(xí)繪制下面這個(gè)paper里面的一個(gè)圖。 從圖中，可以看出，圖片分成2個(gè)部分，左邊是進(jìn)化樹，右邊是類似氣泡圖。 下面我們用一組簡(jiǎn)單的文件進(jìn)行測(cè)試： 進(jìn)化樹文件： (((A...
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單細(xì)胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過幾篇關(guān)于WGCNA的帖子，其實(shí)WGCNA本身就是對(duì)基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá)，合理分組的結(jié)果。 如果對(duì)于一個(gè)表達(dá)量矩陣，本身就至于2個(gè)分組，WT和處理，那么簡(jiǎn)單的差...
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研究蛋白質(zhì)組學(xué)專業(yè)人士，更多免費(fèi)干貨內(nèi)容VX關(guān)注“譜度眾合”
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Phylogeny系統(tǒng)進(jìn)化樹的一鍵化構(gòu)建——Perl_pipeline背景 一行命令構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。其實(shí)這個(gè)想法去年的時(shí)就開始構(gòu)思了。當(dāng)時(shí)在給師兄師姐幫忙構(gòu)建幾個(gè)基因家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹，還是用著以前本科時(shí)候就學(xué)會(huì)的幾個(gè)Windows下的建樹軟件M...
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meme CentriMo富集 motif匹配序列的獲取背景 當(dāng)我們使用 CentriMo 進(jìn)行motif 富集后，如采用下面的命令 會(huì)在test目錄產(chǎn)生三個(gè)文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_c...
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使用Cytoscape中的Enrichmen進(jìn)行富集分析可視化tMapEnrichment Map是一個(gè)用于功能豐富可視化Cytoscape軟件的插件,必須使用任何可用方法在EnrichmentMap之外生成富集結(jié)果。將基因集（例如通路和Gen...
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Cytoscape基礎(chǔ)教程筆記測(cè)序-轉(zhuǎn)
文章目錄 第一課 新手上路 第三課 獲取外部數(shù)據(jù) 第四課 表達(dá)分析 第五課 使用Agilent Literature Search插件 第六課 GO分析 第七課 模塊和復(fù)合物...
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CHIPseq流程1. 環(huán)境配置 2. 數(shù)據(jù)下載 (1)prefetch下載 首先找到要下載的數(shù)據(jù)（SRR...號(hào)）創(chuàng)建project文件夾 利用chipseq環(huán)境中prefetch 軟件進(jìn)行...
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跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO)跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)?！薄皬?fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法?！?DOI: 10.1016/j.cell...
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PPI網(wǎng)絡(luò)實(shí)戰(zhàn):String加Cytoscape聯(lián)手挖掘PPI網(wǎng)絡(luò)
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! 在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡(luò)聚類算法可以從復(fù)雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中挖掘蛋白復(fù)合體或者相應(yīng)的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復(fù)合體的算法...
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R語言分組箱線圖添加顯著性標(biāo)記簡(jiǎn)單小例子部分示例數(shù)據(jù)如下 第一列是數(shù)值 第二列是處理一-第三列是處理二 最終出圖如下 這里自動(dòng)做統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的函數(shù)是 stat_compare_means() 首先是做箱線圖和小提琴圖的...
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chromosome---基因家族成員在染色體上的分布及共線性圖首先介紹如何在染色體上標(biāo)注基因家族成員位置。先上圖： 要實(shí)現(xiàn)這個(gè)圖需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件，一個(gè)基因組格式化的fai文件，該文件的獲取在： 需要注意的一點(diǎn)是，有些同學(xué)可能動(dòng)過了自己的...
