1.加載數(shù)據(jù) 2.執(zhí)行默認的差異表達測試 Seurat 的大部分差異表達特征可以通過“FindMarkers()”函數(shù)訪問。 默認情況下，Seurat 基于非參數(shù) Wilco...
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單細胞測序之差異表達基因獲得方法
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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（RNA-seq工具比較）edgeR、limma、DESeq2三種差異表達包比較文章目錄 加載R包和輸入數(shù)據(jù) 表達數(shù)據(jù)整理3.edgeR包做差異表達4.limma包做差異表達5.DESeq2包做差異表達6.比較三種包差異表達基因篩選結果 1. 加載R包和...
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使用edgeR進行無重復差異表達分析寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個坑 轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復的差異表達分析, 所以專門去學了edgeR 我個人是不太推薦...
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【客戶文獻解讀】基于iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學揭示了沙雷氏菌CM01的蛋白質(zhì)組學變化及Cr(Ⅵ)抗性機制
本期解讀 iTRAQ-based quantitative proteomic reveals proteomic changes in Serratia sp. CM01 ...
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡和細胞類型轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組，與特定DNA序列結合 (TFBS/motif) ，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄...
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【R畫圖學習22.1】進化樹和氣泡組合圖今天學習繪制下面這個paper里面的一個圖。 從圖中，可以看出，圖片分成2個部分，左邊是進化樹，右邊是類似氣泡圖。 下面我們用一組簡單的文件進行測試： 進化樹文件： (((A...
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單細胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過幾篇關于WGCNA的帖子，其實WGCNA本身就是對基因進行了加權共表達，合理分組的結果。 如果對于一個表達量矩陣，本身就至于2個分組，WT和處理，那么簡單的差...
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研究蛋白質(zhì)組學專業(yè)人士，更多免費干貨內(nèi)容VX關注“譜度眾合”
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Phylogeny系統(tǒng)進化樹的一鍵化構建——Perl_pipeline背景 一行命令構建系統(tǒng)進化樹。其實這個想法去年的時就開始構思了。當時在給師兄師姐幫忙構建幾個基因家族的系統(tǒng)進化樹，還是用著以前本科時候就學會的幾個Windows下的建樹軟件M...
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meme CentriMo富集 motif匹配序列的獲取背景 當我們使用 CentriMo 進行motif 富集后，如采用下面的命令 會在test目錄產(chǎn)生三個文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_c...
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使用Cytoscape中的Enrichmen進行富集分析可視化tMapEnrichment Map是一個用于功能豐富可視化Cytoscape軟件的插件,必須使用任何可用方法在EnrichmentMap之外生成富集結果。將基因集（例如通路和Gen...
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Cytoscape基礎教程筆記測序-轉(zhuǎn)
文章目錄 第一課 新手上路 第三課 獲取外部數(shù)據(jù) 第四課 表達分析 第五課 使用Agilent Literature Search插件 第六課 GO分析 第七課 模塊和復合物...
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CHIPseq流程1. 環(huán)境配置 2. 數(shù)據(jù)下載 (1)prefetch下載 首先找到要下載的數(shù)據(jù)（SRR...號）創(chuàng)建project文件夾 利用chipseq環(huán)境中prefetch 軟件進行...
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跟著Cell學作圖|8.富集網(wǎng)絡圖(Cytoscape/ClueGO)跟著Cell學作圖|8.富集網(wǎng)絡圖(Cytoscape/ClueGO) “實踐是檢驗真理的唯一標準?！薄皬同F(xiàn)是學習R語言的最好辦法。” DOI: 10.1016/j.cell...
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PPI網(wǎng)絡實戰(zhàn):String加Cytoscape聯(lián)手挖掘PPI網(wǎng)絡
歡迎關注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡聚類算法可以從復雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡中挖掘蛋白復合體或者相應的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復合體的算法...
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R語言分組箱線圖添加顯著性標記簡單小例子部分示例數(shù)據(jù)如下 第一列是數(shù)值 第二列是處理一-第三列是處理二 最終出圖如下 這里自動做統(tǒng)計檢驗的函數(shù)是 stat_compare_means() 首先是做箱線圖和小提琴圖的...
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chromosome---基因家族成員在染色體上的分布及共線性圖首先介紹如何在染色體上標注基因家族成員位置。先上圖： 要實現(xiàn)這個圖需要準備兩個文件，一個基因組格式化的fai文件，該文件的獲取在： 需要注意的一點是，有些同學可能動過了自己的...
