轉(zhuǎn)座是一類可以在基因組中移動位置的 DNA 片段，又被稱為“跳躍基因”. 它們最早是 20 世紀(jì) 40 年代 Barbara McClintock 在玉米上發(fā)現(xiàn)的——帶有轉(zhuǎn)座...
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可移動原件--轉(zhuǎn)座transposition---耐藥毒力基因的轉(zhuǎn)移 -
副流感病毒（HPIV）基因測序分型：從探針捕獲到基因型分析副流感病毒 HPIVs 基因組全長約為15.4~17.3 kb，不同血清型HPIVs基因組長度的差異主要來源于非編碼區(qū)序列長度的差異。 HPIVs基因組從3′到5′端依次編碼...
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諾如病毒選擇什么方法進(jìn)行基因組測序？如何分型后期會在B站上更新視頻！ 諾如病毒（Norovirus）屬杯狀病毒科（Caliciviridae），正鏈單股RNA，基因組長度約 7.5–7.7 kb，帶多聚腺苷尾（poly...
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基因測序系統(tǒng)進(jìn)化樹，有幾個SNP 才可以判斷同源？
Ai基因測序 盡管已有眾多案例表明WGS在病原菌分型與溯源中的優(yōu)勢，但在實(shí)際應(yīng)用中依舊面臨著眾多挑戰(zhàn)。例如，目前尚缺乏國際通用的細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)采集與分析的標(biāo)準(zhǔn)化流程，尤其是學(xué)...
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評價病原微生物耐藥基因與藥敏實(shí)驗(yàn)（耐藥表型）之間的相關(guān)性--Kappa系數(shù)耐藥基因我們常將耐藥基因制作成一張熱圖，看某一種微生物是否含有此耐藥基因?？倳幸环N想法，我們是否完全通過基因測序就能夠預(yù)測該病原的耐藥性呢？（如果能實(shí)現(xiàn)的話一定是通過人工智...
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耐藥基因的獲得與熱圖構(gòu)建最近剛好寫了一篇關(guān)于耐藥基因相關(guān)分析的常規(guī)文章，分享一下最近的經(jīng)驗(yàn)，方便大家借鑒參考我使用的是card,conda 安裝abricate工具，寫了個腳本，對60個菌株fast...
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病原微生物基因測序后的物種鑒定每次基因測序下機(jī)后似乎工作就已經(jīng)完成了，但是我這次測的對不對呢？我有沒有把樣本的順序弄錯了（我相信只要不是全自動的儀器，大家肯定都犯過錯，因?yàn)橛腥祟惖牡胤?，就會有錯誤，但是錯...
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NCBI 介紹以及參考基因組SRA數(shù)據(jù)下載大全NCBI中常用到的數(shù)據(jù)功能：1.下載參考基因組 2.下載相關(guān)測序數(shù)據(jù)，構(gòu)建進(jìn)化樹 1.下載參考基因組 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dataset...
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NextClade --病毒分析分型利器大家肯定都聽說過新冠病毒分型，像什么包括阿爾法、貝塔、德爾塔、奧密克戎變異株BA.2.12和BA.2.12.1。。。。這些分型是怎么來的？ 基因組序列的差異通過比對不同病毒株...
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生物信息流程構(gòu)建--Nextflow介紹Nextflow Nextflow 由 Paolo Di Tommaso 于 2013 年開發(fā)，他是一位計(jì)算生物學(xué)家和軟件工程師。當(dāng)時 Paolo Di Tommaso 在巴...
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window下的全能生信分析利器--Docker Desktop初體驗(yàn)--window系統(tǒng)下使用SPAdes進(jìn)行基因組組裝docker相較于conda做生信分析有很多優(yōu)勢，尤其是在生信流程的搭建，多系統(tǒng)的支持移植性。但Docker學(xué)習(xí)難度有點(diǎn)高，需要花時間來學(xué)習(xí)。對于小白來說，初次安裝肯定是很困...
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window下的全能生信分析利器----Docker介紹很多人肯定很苦惱，自己的電腦是window系統(tǒng)，很多生信軟件不支持window系統(tǒng)，這種情況下只能利用虛擬機(jī)裝一個完整的Linux系統(tǒng)，虛擬機(jī)又很吃系統(tǒng)資源，今天給大家介紹一...
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初識Linux操作系統(tǒng)--生物信息軟件的家。為什么生信軟件大多在Linux下運(yùn)行1. 什么是Linux操作系統(tǒng)？ Linux是一種開源的操作系統(tǒng)，最初由Linus Torvalds于1991年發(fā)布。與其他操作系統(tǒng)（如Windows和macOS）不同，Li...
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病原微生物測序怎么看同源性？溯源的原理是什么？思路 第一步你們的核苷酸有多相似（初步判斷） 拿到病原微生物基因測序的結(jié)果,先從宏觀上可以看一下他們的相似性--盲人摸象，給了你一個大腸桿菌的基因組和一個金黃色葡萄球菌的基因...
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霍亂弧菌-基因結(jié)構(gòu) 以及 測序分析相關(guān)最近有點(diǎn)忙，更新的較少 今天主要介紹霍亂弧菌基本特點(diǎn)以及基因結(jié)構(gòu)以及NGS測序后續(xù)分析方法 先看下霍亂弧菌的生物學(xué)分類： 域（Domain）：細(xì)菌域（Bacteria） 界（...
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記一次數(shù)據(jù)分析--基因的聚類分析溯源--進(jìn)化樹構(gòu)建接著上一個視屏講，很多人說代碼的輸出結(jié)果看不懂，今天詳細(xì)聊一下 今天選擇了11個沙門菌進(jìn)行聚類分析，最終構(gòu)建進(jìn)化樹 聚類(Cluster)分析顧名思義就是指將研究的對象進(jìn)行分...
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chatgpt人工智能在生信分析方面的應(yīng)用--編寫代碼進(jìn)行多樣本分析，以及生物流程搭建人工智能在代碼編寫方面已經(jīng)有很大的編寫能力，我就把自己的一些使用分享給大家（chatgpt使用需要tizi，最后放了chatgpt鏡像） 推薦大家使用kimi(國產(chǎn)的人工智能...
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如何獲取參考基因組和基因注釋？NCBI，genbank,refseq,GCA GCF這些傻傻分不清楚？1.參考基因組,基因注釋之間的關(guān)系 參考基因組是指完成了測序和組裝的完整基因組序列,常寫在fasta文件中(后面我們聚類分析需要用到參考基因組) 但這些fasta文件簡直就是...