終端可以正常登錄并且運(yùn)行代碼，但是前端rstudio-server一直登錄不上，通過終端快速重新登錄的辦法： 再去前端刷新，就會(huì)發(fā)現(xiàn)OK啦~祝你成功！ 歡迎大家評(píng)論交流?。?..
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：天津
-
Rstudio server卡死快速解決 20260505 -
不需要設(shè)置細(xì)胞數(shù)目，只需要在運(yùn)行前對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化就可以，因?yàn)橛?jì)算默認(rèn)是基于data的。
CellCycleScoring報(bào)錯(cuò)
運(yùn)行l(wèi)ibrary(harmony)后代碼如下： s.genes <- cc.genes$s.genesg2m.genes <- cc.genes$g2m.genessce....
-
通路基因高級(jí)連線圈圖餅圖背景 看到很多高分文章中都包含這種多個(gè)通路富集的圖，很直觀的表現(xiàn)出富集的大類功能通路，形式也十分美觀，已有aPEAR，emapplot等包/函數(shù)來進(jìn)一步繪制網(wǎng)絡(luò)圖。 目的 現(xiàn)...
-
全外顯子組測(cè)序分析 - 流程2一、基礎(chǔ)背景 根據(jù)研究對(duì)象和目的的不同，選擇后續(xù)進(jìn)行胚系突變還是體細(xì)突變的分析。 定義： 胚系突變是發(fā)生在生殖細(xì)胞（精子和卵子）中，由父親的精子或母親的卵子帶來的，是一出生就...
-
全外顯子組測(cè)序分析 - 流程1
使用一個(gè)數(shù)據(jù)樣本（EXON_FYY_1.fastq.gz，EXON_FYY_2.fastq.gz）作為示例，樣本多可以寫成循環(huán)。 Step 0：創(chuàng)建目錄 原始測(cè)序數(shù)據(jù)放在0....
-
全外顯子組測(cè)序分析 - 背景一、全外顯子組 vs 全基因組概念 1. 測(cè)序范圍 全外顯子測(cè)序（WES） 僅針對(duì)基因組中外顯子區(qū)域（約占全基因組的1-2%），即能夠編碼蛋白質(zhì)的部分進(jìn)行測(cè)序。目標(biāo)區(qū)域約為3...
-
GEO下載的SRA文件只得到1個(gè)fastq將SRA文件轉(zhuǎn)成fastq文件可以用fasterq-dump或者parallel-fastq-dump，其中parallel-fastq-dump可以指定多線程，因此速度更快...
-
Drug2Cell 安裝及使用教程簡(jiǎn)介 Drug2Cell 是用于scanpy中基因組活性評(píng)估的效用函數(shù)的集合，既用于每個(gè)細(xì)胞評(píng)分，也用于基于標(biāo)記的富集/過表示分析。Drug2cell利用已建立的方法，并以方...
-
@我們一起舔過鐵欄桿 您好，原文章指出都大于0.9是最好的，但是在張澤民老師泛癌NK那個(gè)文章中，大部分細(xì)胞類型ROGUE 值都大于0.8，但也有一個(gè)細(xì)胞類型在0.75一下。我個(gè)人感覺整體在0.8以上也可以接受，當(dāng)然值越大純度越高更好，但是還得結(jié)合具體的問題考慮。
ROGUE： 細(xì)胞亞群純度評(píng)估
在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評(píng)估細(xì)胞亞群純度的內(nèi)容，用到的是張澤民團(tuán)隊(duì)的ROGEU包。提出了一個(gè)基于熵的統(tǒng)計(jì)量(ROGUE)來準(zhǔn)確地定量鑒定的細(xì)胞團(tuán)的純度，可應(yīng)用于所有測(cè)試的sc...
-
@Ying_41b7 c和t分別代表對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組哈~
TEtranscripts安裝及使用大全（202406）
本文主要介紹TEtranscripts，常用于轉(zhuǎn)座子研究。官網(wǎng)：https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/[h...
-
單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)scRNA-seq及其在動(dòng)物學(xué)上的應(yīng)用《動(dòng)物學(xué)科學(xué)研討》課程老師讓介紹一種測(cè)序技術(shù)，及其在動(dòng)物學(xué)上的應(yīng)用的，PPT共享！ （每帖分享：時(shí)間應(yīng)該被用在有價(jià)值且讓你快樂的地方，而不是無意義且擾亂心情的事情）
-
FeaturePlot畫圖讓有表達(dá)的點(diǎn)展示在上方在使用FeaturePlot畫圖的時(shí)候會(huì)因?yàn)榧?xì)胞太多存在一些細(xì)胞被覆蓋的現(xiàn)象，導(dǎo)致表達(dá)某基因的細(xì)胞由于處于底層而展示不出來。我們?nèi)绻胍尡磉_(dá)特定基因的細(xì)胞都展示在上層，從而...
-
利用cellranger構(gòu)建病毒基因組并整合到人中定量分析1.軟件和參考基因組文件下載 cellranger下載 建議下載比較新的的，我這個(gè)是因?yàn)橄牒驮谋３忠恢滤圆畔螺d的老版本官網(wǎng)下載：https://www.10xgenomi...
-
R構(gòu)建seurat和scanpy 重復(fù)基因處理方式不同在處理病毒數(shù)據(jù)的時(shí)候遇到一個(gè)問題，由于有不同病毒對(duì)應(yīng)的 蛋白編碼基因相同，導(dǎo)致讀取的時(shí)候出現(xiàn)問題：主要是在R中"ORF1ab"讀取為0但是scanpy中讀取為13.548，這...
-
destiny包安裝 (libstdc++.so.6報(bào)錯(cuò))為了使用DiffusionMap，需要安裝destiny，但是遇到報(bào)錯(cuò)libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.30' not found嘗試了...
-
Rstudio server卡住無法啟動(dòng)多次遇到rstudio-server服務(wù)器自己的用戶登錄不上，一直卡著，但是別人的用戶能正常使用的情況，一般都是自己用戶下出現(xiàn)了問題，下面總結(jié)幾個(gè)常用到有助于快速重新登錄的辦...
-
ROGUE： 細(xì)胞亞群純度評(píng)估在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評(píng)估細(xì)胞亞群純度的內(nèi)容，用到的是張澤民團(tuán)隊(duì)的ROGEU包。提出了一個(gè)基于熵的統(tǒng)計(jì)量(ROGUE)來準(zhǔn)確地定量鑒定的細(xì)胞團(tuán)的純度，可應(yīng)用于所有測(cè)試的sc...
-
SeuratDisk R包安裝 & .h5ad轉(zhuǎn)換為seurat對(duì)象h5Seurat 文件格式專門用于存儲(chǔ)和分析多模態(tài)單細(xì)胞和空間分辨表達(dá)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，例如來自 CITE-seq 或 10X Visium 技術(shù)的數(shù)據(jù)。它包含所有分子信息和相關(guān)的元...
-
泛癌內(nèi)皮 血管生成 炎癥 2024 NSR(張澤民)Jinhu Li, Dongfang Wang, Fei Tang, Xinnan Ling, Wenjie Zhang, Zemin Zhang, Pan-cancer i...
-
Jupyte安裝和遠(yuǎn)程使用Jupyter是一個(gè)開源的交互式計(jì)算環(huán)境，支持超過40種編程語言，其中包括Python、R、Julia等。它最初是IPython項(xiàng)目的一部分，隨后發(fā)展成為支持多種編程語言的開...