1 什么是motif分析 在DNA或蛋白的同源序列中，不同位點的保守程度是不一樣的，一般來說，對DNA或蛋白質(zhì)功能和結(jié)構(gòu)影響比較大的位點會比較保守，其它位點則不是很保守。這些...
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motif分析-MEME
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awk 從放棄到入門
接觸awk已經(jīng)一年了，還是有很多命令搞不懂但是這個作者的講解是真的詳細清楚，我這種不太聰明的都能看明白，真的通俗易懂講了一系列awk的命令，看完入門肯定是沒問題，腳本中的aw...
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最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個強大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學昆蘭實驗室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對基因...
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讀莫言的《晚熟的人》今天看了莫言《晚熟的人》 作家莫言在《晚熟的人》一書中，曾說過這樣一段話：本性善良的人都晚熟，他們不是想成熟，而是被惡人催熟的，后面雖然開竅了，但仍然保持一片赤誠。他們不斷地...
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awk從放棄到入門（1）：awk基礎(chǔ) （通俗易懂，快進來看）
我們先來用專業(yè)的術(shù)語描述一下awk是什么，如果你看不懂，沒關(guān)系，我們會再用"大白話"解釋一遍。 awk是一個報告生成器，它擁有強大的文本格式化的能力，這就是專業(yè)的說法。 你可...
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LAI: 評估基因組質(zhì)量一個標準
基因組組裝完成之后，就需要對最后的質(zhì)量進行評估。我們希望得到的contig文件中，每個contig都能足夠的長，能夠有一個完整的基因結(jié)構(gòu)，歸納一下就是3C原則: 連續(xù)性(Co...
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GC shew 和 GC bias 2020-05-07
GC bias describes the relationship between GC content and read coverage across a genome...
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入門必看 | 深度解析長末端重復反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs）提起 LTR，相信很多人和我之前一樣都是熟悉又陌生的感覺，聽過或者接觸過卻未深入了解過。若您對 LTR 分析有興趣，卻苦于無從下手時，愿本文作為一個叩門磚，為您敲開 LTR ...
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重復區(qū)域注釋1.UCSC上重復區(qū)域文件rmsk.txt.gz 將rmsk文件根據(jù)重復序列分類需求轉(zhuǎn)換為bed文件：grep LINE rmsk.txt | awk -F"\t" '{pr...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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linux下 各種解壓文件使用方法
.xz .tar .gz .tar.gz 和 .tgz .bz2 .tar.bz2 .bz .tar.bz .Z .tar.Z .zip .rar .lha .rpm .de...
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KEGG是什么：快速了解KEGG我們有時候很關(guān)心基因所在的pathway、上下調(diào)控以及一堆基因富集到的pathway，再或者同源基因等信息，KEGG數(shù)據(jù)庫也算是目前（注釋）常用的明星數(shù)據(jù)庫 KEGG：京都基...
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轉(zhuǎn)錄組入門（5）： 序列比對歡迎來GitHub上fork，一起進步： https://github.com/xuzhougeng 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisa...
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RNA-seq(5):序列比對：Hisat2比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析談論到直系同源基因分析的時候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達到了3000多，但這個軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
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Orthofinder運行結(jié)果文件解讀OrthoFinder結(jié)果文件 運行標準OrthoFinder會產(chǎn)生一系列文件：直系同源組、直系同源、基因樹、物種樹、基因復制事件、比較基因組學數(shù)據(jù)。結(jié)果文件在所分析物種的....
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生信分析軟件總結(jié)合集
持續(xù)更新中EDTA：TE 注釋工具。是一個可以從頭注釋全基因組中的TE并且評估已有TE庫注釋優(yōu)劣的工具包。該工具的主要步驟是過濾掉原始TE中注釋錯誤的，從而注釋出全基因組中較...
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同農(nóng)轉(zhuǎn)生信的小碩，加油！為你也為我。
生物基礎(chǔ)知識-CDS、ORF、啟動子、終止子、轉(zhuǎn)錄因子、UTR
劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)，一般是先在DNA序列中...
