在發(fā)育過(guò)程中,細(xì)胞會(huì)對(duì)刺激做出反應(yīng),在整個(gè)生命過(guò)程中,從一種功能性“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能性“狀態(tài)”。擬時(shí)序分析(pseudo-time),它指通過(guò)構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來(lái)重塑...
在發(fā)育過(guò)程中,細(xì)胞會(huì)對(duì)刺激做出反應(yīng),在整個(gè)生命過(guò)程中,從一種功能性“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能性“狀態(tài)”。擬時(shí)序分析(pseudo-time),它指通過(guò)構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來(lái)重塑...
前面我們說(shuō)過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細(xì)胞水平,每個(gè)spot會(huì)捕獲5-10個(gè)細(xì)胞,這樣每個(gè)spot里實(shí)際上可能存在幾種不同類型的細(xì)胞。但是對(duì)于大部分組織細(xì)胞來(lái)說(shuō)同一區(qū)域周圍更...
好不容易拿到了自己的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),心情激動(dòng)、躍躍欲試,想趕快去實(shí)施一下自己的idea,可是又不會(huì)寫代碼,只能干等著?當(dāng)然不是,其實(shí)你完全可以實(shí)現(xiàn)不寫代碼完成自己大部分?jǐn)?shù)據(jù)挖...
今天來(lái)給大家分享的是:怎么一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)差異分析+火山圖+散點(diǎn)圖。 一、準(zhǔn)備3個(gè)文件: 1、基因表達(dá)count文件:gene_count_edger.txt 格...
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖,那如果我們已經(jīng)有自己重點(diǎn)關(guān)注的基因,并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來(lái)怎么弄呢? 今天再來(lái)介紹一下,做完差異分析之后怎...
自己只做了幾個(gè)樣本的RNAseq測(cè)序或芯片,發(fā)愁文章里沒(méi)有什么絢麗的圖片可放?別著急,我們可以把差異分析的基因拿來(lái)做基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,通過(guò)繪制網(wǎng)絡(luò)圖來(lái)給自己的文章增加一點(diǎn)色...
前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來(lái)介紹一下怎么利用Space Ranger的結(jié)果文件進(jìn)行...
前面介紹了利用Seurat對(duì)10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)單個(gè)樣本進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維、聚類分析。今天來(lái)繼續(xù)分享怎么整合多個(gè)空間轉(zhuǎn)錄組樣本,同時(shí)進(jìn)行聚類和分析marker基因。跟單細(xì)胞...