發(fā)簡信
IP屬地：上海
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空間轉錄組第十講：空轉的細胞分化（擬時序分析）該怎么玩
在發(fā)育過程中，細胞會對刺激做出反應，在整個生命過程中，從一種功能性“狀態(tài)”轉變?yōu)榱硪环N功能性“狀態(tài)”。擬時序分析（pseudo-time），它指...
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空間轉錄組第九講：利用SingleR進行細胞類型注釋
前面我們說過空間轉錄組技術不是真正的單細胞水平，每個spot會捕獲5-10個細胞，這樣每個spot里實際上可能存在幾種不同類型的細胞。但是對于大...
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空間轉錄組第八講：萬字長文教你不寫代碼如何挖掘自己的數(shù)據(jù)好不容易拿到了自己的空間轉錄組數(shù)據(jù)，心情激動、躍躍欲試，想趕快去實施一下自己的idea，可是又不會寫代碼，只能干等著？當然不是，其實你完全可以實...
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空間轉錄組第七講：多樣本合并、marker基因分析前面介紹了利用Seurat對10x空間轉錄組數(shù)據(jù)單個樣本進行數(shù)據(jù)預處理、降維、聚類分析。今天來繼續(xù)分享怎么整合多個空間轉錄組樣本，同時進行聚類和...
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空間轉錄組第六講：數(shù)據(jù)預處理、降維、聚類（seurat）前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來介紹一下怎么利用Spac...
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空間轉錄組第一講：10x空間轉錄組技術介紹
最近，空間轉錄組學研究炙手可熱。細胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關系對于理解疾病病理可能至關重要。空間轉錄組學是一項開創(chuàng)性的技術，它使科學家...
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如何利用網(wǎng)絡圖給自己轉錄組數(shù)據(jù)的文章添彩
自己只做了幾個樣本的RNAseq測序或芯片，發(fā)愁文章里沒有什么絢麗的圖片可放？別著急，我們可以把差異分析的基因拿來做基因共表達網(wǎng)絡分析，通過繪制...
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一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)標記重要基因
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖，那如果我們已經(jīng)有自己重點關注的基因，并且想把這些基因在差異結果里展示出來怎么弄呢？ 今天再...
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一行命令完成RNAseq差異分析+火山圖+散點圖今天來給大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)差異分析+火山圖+散點圖。 一、準備3個文件： 1、基因表達count文件：gene_co...