這里講的是相鄰位置同一種細(xì)胞類型不同亞群在組織切片上的分化關(guān)系，不是組織細(xì)胞和免疫細(xì)胞的分化關(guān)系。雖然空間切片不是單細(xì)胞水平，一個(gè)spot中有可能會(huì)掉落免疫細(xì)胞，但是對(duì)于組織細(xì)胞的區(qū)域的spot主要還是組織細(xì)胞為主，這樣完全是可以分析相鄰spot直接的分化關(guān)系的。
空間轉(zhuǎn)錄組第十講：空轉(zhuǎn)的細(xì)胞分化（擬時(shí)序分析）該怎么玩在發(fā)育過程中，細(xì)胞會(huì)對(duì)刺激做出反應(yīng)，在整個(gè)生命過程中，從一種功能性“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能性“狀態(tài)”。擬時(shí)序分析（pseudo-time），它指通過構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來重塑...
請(qǐng)問指的是哪一部分呢？
空間轉(zhuǎn)錄組第九講：利用SingleR進(jìn)行細(xì)胞類型注釋前面我們說過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細(xì)胞水平，每個(gè)spot會(huì)捕獲5-10個(gè)細(xì)胞，這樣每個(gè)spot里實(shí)際上可能存在幾種不同類型的細(xì)胞。但是對(duì)于大部分組織細(xì)胞來說同一區(qū)域周圍更...
在發(fā)育過程中，細(xì)胞會(huì)對(duì)刺激做出反應(yīng)，在整個(gè)生命過程中，從一種功能性“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能性“狀態(tài)”。擬時(shí)序分析（pseudo-time），它指通過構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來重塑...
前面我們說過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細(xì)胞水平，每個(gè)spot會(huì)捕獲5-10個(gè)細(xì)胞，這樣每個(gè)spot里實(shí)際上可能存在幾種不同類型的細(xì)胞。但是對(duì)于大部分組織細(xì)胞來說同一區(qū)域周圍更...
好不容易拿到了自己的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，心情激動(dòng)、躍躍欲試，想趕快去實(shí)施一下自己的idea，可是又不會(huì)寫代碼，只能干等著？當(dāng)然不是，其實(shí)你完全可以實(shí)現(xiàn)不寫代碼完成自己大部分?jǐn)?shù)據(jù)挖...
前面介紹了利用Seurat對(duì)10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)單個(gè)樣本進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維、聚類分析。今天來繼續(xù)分享怎么整合多個(gè)空間轉(zhuǎn)錄組樣本，同時(shí)進(jìn)行聚類和分析marker基因。跟單細(xì)胞...
前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來介紹一下怎么利用Space Ranger的結(jié)果文件進(jìn)行...
最近，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究炙手可熱。細(xì)胞及其在組織樣本中的相對(duì)位置之間的關(guān)系對(duì)于理解疾病病理可能至關(guān)重要?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一項(xiàng)開創(chuàng)性的技術(shù)，它使科學(xué)家能夠測(cè)量組織樣本中的所有基因活...
自己只做了幾個(gè)樣本的RNAseq測(cè)序或芯片，發(fā)愁文章里沒有什么絢麗的圖片可放？別著急，我們可以把差異分析的基因拿來做基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，通過繪制網(wǎng)絡(luò)圖來給自己的文章增加一點(diǎn)色...
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖，那如果我們已經(jīng)有自己重點(diǎn)關(guān)注的基因，并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來怎么弄呢？ 今天再來介紹一下，做完差異分析之后怎...
