發(fā)簡信
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空間轉(zhuǎn)錄組第十講：空轉(zhuǎn)的細胞分化（擬時序分析）該怎么玩
在發(fā)育過程中，細胞會對刺激做出反應(yīng)，在整個生命過程中，從一種功能性“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能性“狀態(tài)”。擬時序分析（pseudo-time），它指...
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空間轉(zhuǎn)錄組第九講：利用SingleR進行細胞類型注釋
前面我們說過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細胞水平，每個spot會捕獲5-10個細胞，這樣每個spot里實際上可能存在幾種不同類型的細胞。但是對于大...
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空間轉(zhuǎn)錄組第八講：萬字長文教你不寫代碼如何挖掘自己的數(shù)據(jù)好不容易拿到了自己的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，心情激動、躍躍欲試，想趕快去實施一下自己的idea，可是又不會寫代碼，只能干等著？當然不是，其實你完全可以實...
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空間轉(zhuǎn)錄組第七講：多樣本合并、marker基因分析前面介紹了利用Seurat對10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)單個樣本進行數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維、聚類分析。今天來繼續(xù)分享怎么整合多個空間轉(zhuǎn)錄組樣本，同時進行聚類和...
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空間轉(zhuǎn)錄組第六講：數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維、聚類（seurat）前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來介紹一下怎么利用Spac...
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空間轉(zhuǎn)錄組第一講：10x空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)介紹
最近，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究炙手可熱。細胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關(guān)系對于理解疾病病理可能至關(guān)重要?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一項開創(chuàng)性的技術(shù)，它使科學(xué)家...
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如何利用網(wǎng)絡(luò)圖給自己轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的文章添彩
自己只做了幾個樣本的RNAseq測序或芯片，發(fā)愁文章里沒有什么絢麗的圖片可放？別著急，我們可以把差異分析的基因拿來做基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析，通過繪制...
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一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)標記重要基因
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖，那如果我們已經(jīng)有自己重點關(guān)注的基因，并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來怎么弄呢？ 今天再...
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一行命令完成RNAseq差異分析+火山圖+散點圖今天來給大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)差異分析+火山圖+散點圖。 一、準備3個文件： 1、基因表達count文件：gene_co...