發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
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survival包學(xué)習(xí)筆記——cox回歸（二）上一篇關(guān)注單因素多因素cox模型的構(gòu)建并在lung數(shù)據(jù)集中進(jìn)行了實(shí)戰(zhàn)survival包學(xué)習(xí)筆記——cox回歸（一） - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https://ww...
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富集分析結(jié)果雷達(dá)圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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認(rèn)識(shí)甲基化
一、理解TCGA數(shù)據(jù)中的甲基化位點(diǎn) 甲基化是什么？啟動(dòng)子是什么？甲基化（或者CpG島）是如何影響基因表達(dá)的？ 人的甲基化、基因結(jié)構(gòu)、啟動(dòng)子的一些概念 - 簡(jiǎn)書(shū) (jiansh...
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根據(jù)列中重復(fù)值刪除行根據(jù)某一列中的重復(fù)值，刪除相應(yīng)行，最常出現(xiàn)在多組學(xué)數(shù)據(jù)的處理當(dāng)中。在處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時(shí)，通常多個(gè)芯片對(duì)應(yīng)一個(gè)基因，那么注釋之后就會(huì)遇到一個(gè)棘手的問(wèn)題: gene name中有重...
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廣義線性模型二（Generalized Linear Models，GLM）在上一篇廣義線性模型一（Generalized Linear Models，GLM） - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p...
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survival包學(xué)習(xí)筆記——cox回歸（一）survival包最早1985年開(kāi)始撰寫(xiě)并應(yīng)用在生存分析，包中有許多數(shù)據(jù)集供我們學(xué)習(xí)使用（肺癌、膀胱癌，急性白血病、糖尿病等），功能多樣，包括對(duì)生存數(shù)據(jù)的描述、假設(shè)檢驗(yàn)、co...
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廣義線性模型一（Generalized Linear Models，GLM）參考從線性模型到廣義線性模型（1）——模型假設(shè)篇 | 統(tǒng)計(jì)之都 (cosx.org)[https://cosx.org/2011/01/how-does-glm-genera...
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@jijitoutou 樣本的名字對(duì)應(yīng)的意義不同，如01，02雖然代表的都是腫瘤樣本，01代表的是原發(fā)，02是復(fù)發(fā)，如01A，01B都代表腫瘤，但B代表的是蠟塊包埋，測(cè)序效果并不佳。所以腫瘤樣本我們常常只用0A
具體可以參考https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codesTCGA數(shù)據(jù)下載方式知多少
一、GDC client下載 1.從網(wǎng)頁(yè)選擇數(shù)據(jù)，下載manifest文件 數(shù)據(jù)存放網(wǎng)站：https://portal.gdc.cancer.gov/[https://por...
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UCSC上下載的maf無(wú)法讀??？準(zhǔn)備開(kāi)始突變數(shù)據(jù)的探索時(shí)，發(fā)現(xiàn)無(wú)法讀取？ 我又去UCSC上找，發(fā)現(xiàn)下載raw data就行了， 位置如下：
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決策樹(shù)與隨機(jī)森林——原理篇（二）
第一篇我們主要關(guān)注了根結(jié)點(diǎn)及內(nèi)部結(jié)點(diǎn)的選擇第二篇主要關(guān)注如何處理“過(guò)擬合”現(xiàn)象參考 大致了解機(jī)器學(xué)習(xí)——AI 算法 歸檔 - 產(chǎn)品經(jīng)理的人工智能學(xué)習(xí)庫(kù) (easyai.tec...
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決策樹(shù)與隨機(jī)森林——原理篇（一）第一篇我們深入淺出的談?wù)剾Q策樹(shù)，嚴(yán)格來(lái)說(shuō)，是決策樹(shù)的基本原理。參考 GitHub - datawhalechina/pumpkin-book: 《機(jī)器學(xué)習(xí)》（西瓜書(shū)）公式推導(dǎo)...
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P53基因突變——讀《陳巍說(shuō)基因》P53基因在超過(guò)50%的腫瘤中發(fā)生突變 一、P53基因和蛋白的結(jié)構(gòu)和功能 結(jié)構(gòu) P53基因位于17號(hào)染色體的短臂上，編碼的蛋白有393個(gè)氨基酸殘基。P53之所以為P53，是因...
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TCGA終點(diǎn)事件
To ensure proper use of this large clinical dataset associated with genomic features, w...
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TCGA數(shù)據(jù)下載方式知多少一、GDC client下載 1.從網(wǎng)頁(yè)選擇數(shù)據(jù)，下載manifest文件 數(shù)據(jù)存放網(wǎng)站：https://portal.gdc.cancer.gov/[https://por...
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apply家族——只為循環(huán)而生apply()函數(shù)是一個(gè)很R語(yǔ)言的函數(shù)，可以起到很好的替代冗余的for循環(huán)的作用，在一篇博客里面介紹過(guò)，R語(yǔ)言的循環(huán)操作for和while，都是基于R語(yǔ)言本身來(lái)實(shí)現(xiàn)的，而向量...
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@jijitoutou 這里的分組是我自定義的分組（高危組及低危組），當(dāng)然您可以自定義自己的分組，這個(gè)分組并不影響繪圖
CIBERSORT計(jì)算免疫浸潤(rùn)程度
讀CIBERSORT免疫浸潤(rùn)的代碼實(shí)現(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247490638&id...
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生存曲線繪制出現(xiàn)Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : arguments imply differing number of r...遇到的問(wèn)題： 生存分析進(jìn)行過(guò)程中，一直發(fā)生報(bào)錯(cuò)，代碼及 錯(cuò)誤如下： ggsurvplot(fit)Error in data.frame(..., check.names =...
