上一篇關(guān)注單因素多因素cox模型的構(gòu)建并在lung數(shù)據(jù)集中進(jìn)行了實(shí)戰(zhàn)survival包學(xué)習(xí)筆記——cox回歸(一) - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https://ww...
單細(xì)胞繪圖系列: Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
一、理解TCGA數(shù)據(jù)中的甲基化位點(diǎn) 甲基化是什么?啟動(dòng)子是什么?甲基化(或者CpG島)是如何影響基因表達(dá)的? 人的甲基化、基因結(jié)構(gòu)、啟動(dòng)子的一些概念 - 簡(jiǎn)書(shū) (jiansh...
根據(jù)某一列中的重復(fù)值,刪除相應(yīng)行,最常出現(xiàn)在多組學(xué)數(shù)據(jù)的處理當(dāng)中。在處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時(shí),通常多個(gè)芯片對(duì)應(yīng)一個(gè)基因,那么注釋之后就會(huì)遇到一個(gè)棘手的問(wèn)題: gene name中有重...
在上一篇廣義線性模型一(Generalized Linear Models,GLM) - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p...
survival包最早1985年開(kāi)始撰寫(xiě)并應(yīng)用在生存分析,包中有許多數(shù)據(jù)集供我們學(xué)習(xí)使用(肺癌、膀胱癌,急性白血病、糖尿病等),功能多樣,包括對(duì)生存數(shù)據(jù)的描述、假設(shè)檢驗(yàn)、co...
參考從線性模型到廣義線性模型(1)——模型假設(shè)篇 | 統(tǒng)計(jì)之都 (cosx.org)[https://cosx.org/2011/01/how-does-glm-genera...
@jijitoutou 樣本的名字對(duì)應(yīng)的意義不同,如01,02雖然代表的都是腫瘤樣本,01代表的是原發(fā),02是復(fù)發(fā),如01A,01B都代表腫瘤,但B代表的是蠟塊包埋,測(cè)序效果并不佳。所以腫瘤樣本我們常常只用0A
具體可以參考https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes
TCGA數(shù)據(jù)下載方式知多少一、GDC client下載 1.從網(wǎng)頁(yè)選擇數(shù)據(jù),下載manifest文件 數(shù)據(jù)存放網(wǎng)站:https://portal.gdc.cancer.gov/[https://por...
準(zhǔn)備開(kāi)始突變數(shù)據(jù)的探索時(shí),發(fā)現(xiàn)無(wú)法讀取? 我又去UCSC上找,發(fā)現(xiàn)下載raw data就行了, 位置如下:
第一篇我們主要關(guān)注了根結(jié)點(diǎn)及內(nèi)部結(jié)點(diǎn)的選擇第二篇主要關(guān)注如何處理“過(guò)擬合”現(xiàn)象參考 大致了解機(jī)器學(xué)習(xí)——AI 算法 歸檔 - 產(chǎn)品經(jīng)理的人工智能學(xué)習(xí)庫(kù) (easyai.tec...
第一篇我們深入淺出的談?wù)剾Q策樹(shù),嚴(yán)格來(lái)說(shuō),是決策樹(shù)的基本原理。參考 GitHub - datawhalechina/pumpkin-book: 《機(jī)器學(xué)習(xí)》(西瓜書(shū))公式推導(dǎo)...
P53基因在超過(guò)50%的腫瘤中發(fā)生突變 一、P53基因和蛋白的結(jié)構(gòu)和功能 結(jié)構(gòu) P53基因位于17號(hào)染色體的短臂上,編碼的蛋白有393個(gè)氨基酸殘基。P53之所以為P53,是因...
To ensure proper use of this large clinical dataset associated with genomic features, w...
一、GDC client下載 1.從網(wǎng)頁(yè)選擇數(shù)據(jù),下載manifest文件 數(shù)據(jù)存放網(wǎng)站:https://portal.gdc.cancer.gov/[https://por...
apply()函數(shù)是一個(gè)很R語(yǔ)言的函數(shù),可以起到很好的替代冗余的for循環(huán)的作用,在一篇博客里面介紹過(guò),R語(yǔ)言的循環(huán)操作for和while,都是基于R語(yǔ)言本身來(lái)實(shí)現(xiàn)的,而向量...
@jijitoutou 這里的分組是我自定義的分組(高危組及低危組),當(dāng)然您可以自定義自己的分組,這個(gè)分組并不影響繪圖
CIBERSORT計(jì)算免疫浸潤(rùn)程度讀CIBERSORT免疫浸潤(rùn)的代碼實(shí)現(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247490638&id...
遇到的問(wèn)題: 生存分析進(jìn)行過(guò)程中,一直發(fā)生報(bào)錯(cuò),代碼及 錯(cuò)誤如下: ggsurvplot(fit)Error in data.frame(..., check.names =...