現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快，請(qǐng)閱讀都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過(guò)交道,尤...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
-
Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件 -
三代測(cè)序入門(mén)移步github 測(cè)序原理 共有的特點(diǎn)： 優(yōu)點(diǎn)：無(wú)需前期擴(kuò)增，不引入偏向性；讀長(zhǎng)長(zhǎng)缺點(diǎn)：錯(cuò)誤率高； 10X Genomics：Illumina二代測(cè)序的升級(jí)版 10X Gen...
-
學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過(guò)本地blast獲取一些沒(méi)有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒(méi)想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問(wèn)題。...
-
mcmctree估算物種分歧時(shí)間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對(duì)探討物種起源與演化具有重要意義。通過(guò)最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹(shù)以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
-
相見(jiàn)恨晚的15個(gè) Linux 神器，你可能一個(gè)都沒(méi)見(jiàn)過(guò)
作者 | int32bit 出處｜知乎回答原文 | http://t.cn/R1FKgdN ag：比grep、ack更快的遞歸搜索文件內(nèi)容。 tig：字符模式下交互查看git...
-
對(duì)比了 Python、Go 和 Rust 之后，我們得出了這個(gè)結(jié)論本文主要是從 Python 開(kāi)發(fā)者的角度基于開(kāi)發(fā)工效學(xué)對(duì)這三種語(yǔ)言進(jìn)行的一個(gè)比較，你可以跳過(guò)討論部分，直接查看代碼示例、性能比較、主要結(jié)論或 Python、Go 和 Rust...
-
【思考】學(xué)習(xí)生信是一段孤獨(dú)的旅程
ps：更新于2019/4/27 境由心造：意識(shí)思維的局限而已 這篇文章只是一時(shí)的吐槽而已，真實(shí)情況是一起的學(xué)習(xí)的小伙伴病了好久，沒(méi)人學(xué)習(xí)交流，一時(shí)興起。本人一直很陽(yáng)光積極向上...
個(gè)人介紹
常居中國(guó)南方的 化學(xué)生物狗一只，現(xiàn)在溜去CUHK讀博去了，從事生物信息的工作。常用語(yǔ)言 python、R、javascript，熟練使用python的工程師一枚。