QTLseqr是一個(gè)用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結(jié)果進(jìn)行過濾，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計(jì)值的方法進(jìn)行定位。我們這次嘗試使用這個(gè)R包來替代我們自己...
IP屬地：北京
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使用QTLseqr進(jìn)行BSA-seq分析 -
以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（下篇）接著上一篇留下的問題，如何按照以1M為窗口，每次移動(dòng)10Kb計(jì)算均值。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點(diǎn)結(jié)果為例，我們來增加這條線 原...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（中篇）下游分析 下游分析可能是比較成熟化的流程分析，對(duì)服務(wù)器的要求比較高一些，下游分析則是對(duì)背景知識(shí)要求高一些，例如VCF的格式，遺傳學(xué)的三大定律等。 讓我們先安裝并加載所需的R包...
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HaploMerger2: 從高雜合二倍體基因組組裝中重建單倍型本文只是按照自己的需求翻譯了HaploMerger2提供的手冊(cè)部分內(nèi)容。HaploMerger2的幫助文檔寫的非常好，一定要花點(diǎn)時(shí)間去讀啊！ HaploMerger2的分析流...
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R數(shù)據(jù)可視化7:氣泡圖 Bubble Plot“氣泡圖”這個(gè)名字聽著就很可愛是不是！今天讓我們來看看這個(gè)氣泡圖長(zhǎng)什么樣，可以展示什么樣的數(shù)據(jù)，以及如何用R作圖。 什么是氣泡圖 氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個(gè)個(gè)...
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如何用binmapr進(jìn)行遺傳定位binmapr是我折騰的一個(gè)R包，它能夠?qū)GS測(cè)序得到SNP數(shù)據(jù)基于binmap進(jìn)行糾錯(cuò)，用于更好的遺傳定位。 在閱讀本文之前，請(qǐng)先花點(diǎn)時(shí)間看看Bin, Bin, Bin！...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（上篇）
BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目（最早的是RNA-seq），但是卻是我最早獨(dú)立開展的數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目， 我曾經(jīng)專門寫過一篇文章介紹如何使用SHOREMap做擬南芥的E...
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GWAS--益處和局限性內(nèi)容來自文章：Benefits and limitations of genome-wide association studies GWAS 注：染色質(zhì)開放性（chroma...
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關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
全基因組關(guān)聯(lián)分析是一種在人類或動(dòng)植物全基因組中尋找變異序列的方法，全英文名為Genome-wide association study，縮寫名為GWAS。 2005年，Sci...
