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使用QTLseqr進行BSA-seq分析QTLseqr是一個用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結果進行過濾，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計值的方法進行定位。我們這次嘗試使用這個R包來替代我們自己...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進行遺傳定位（下篇）接著上一篇留下的問題，如何按照以1M為窗口，每次移動10Kb計算均值。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點結果為例，我們來增加這條線 原...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進行遺傳定位（中篇）下游分析 下游分析可能是比較成熟化的流程分析，對服務器的要求比較高一些，下游分析則是對背景知識要求高一些，例如VCF的格式，遺傳學的三大定律等。 讓我們先安裝并加載所需的R包...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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HaploMerger2: 從高雜合二倍體基因組組裝中重建單倍型本文只是按照自己的需求翻譯了HaploMerger2提供的手冊部分內(nèi)容。HaploMerger2的幫助文檔寫的非常好，一定要花點時間去讀??！ HaploMerger2的分析流...
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R數(shù)據(jù)可視化7:氣泡圖 Bubble Plot“氣泡圖”這個名字聽著就很可愛是不是！今天讓我們來看看這個氣泡圖長什么樣，可以展示什么樣的數(shù)據(jù)，以及如何用R作圖。 什么是氣泡圖 氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個個...
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如何用binmapr進行遺傳定位binmapr是我折騰的一個R包，它能夠將NGS測序得到SNP數(shù)據(jù)基于binmap進行糾錯，用于更好的遺傳定位。 在閱讀本文之前，請先花點時間看看Bin, Bin, Bin！...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進行遺傳定位（上篇）
BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項目（最早的是RNA-seq），但是卻是我最早獨立開展的數(shù)據(jù)分析項目， 我曾經(jīng)專門寫過一篇文章介紹如何使用SHOREMap做擬南芥的E...
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GWAS--益處和局限性內(nèi)容來自文章：Benefits and limitations of genome-wide association studies GWAS 注：染色質開放性（chroma...
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關于全基因組關聯(lián)分析（GWAS）
全基因組關聯(lián)分析是一種在人類或動植物全基因組中尋找變異序列的方法，全英文名為Genome-wide association study，縮寫名為GWAS。 2005年，Sci...
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BSA,重測序完整篇重要聲明：許多工具、文檔是需要爬墻才能看到的，鏈接無法打開時，可能是被墻了。BSA綜述2016年發(fā)表0.批量轉移文件的方法find ./bwa -name '*2447-20...
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西澳大學生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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使用MutMap快速定位突變基因：原理篇緣起 在我的課題中，我們使用了BSA結合全基因組重測序的方法尋找候選基因。本人乃生信小白一枚，可是對生物信息學非常感興趣，一直想學一些生信分析。索性就以此為切入點，開始了自學...
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