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了解常用的分子標(biāo)記及其應(yīng)用！
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使用QTLseqr進(jìn)行BSA-seq分析QTLseqr是一個(gè)用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計(jì)值的方法進(jìn)行定位。我們這次嘗試使用這個(gè)R包來(lái)替代我們自己...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（下篇）接著上一篇留下的問(wèn)題，如何按照以1M為窗口，每次移動(dòng)10Kb計(jì)算均值。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點(diǎn)結(jié)果為例，我們來(lái)增加這條線 原...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（中篇）下游分析 下游分析可能是比較成熟化的流程分析，對(duì)服務(wù)器的要求比較高一些，下游分析則是對(duì)背景知識(shí)要求高一些，例如VCF的格式，遺傳學(xué)的三大定律等。 讓我們先安裝并加載所需的R包...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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HaploMerger2: 從高雜合二倍體基因組組裝中重建單倍型本文只是按照自己的需求翻譯了HaploMerger2提供的手冊(cè)部分內(nèi)容。HaploMerger2的幫助文檔寫(xiě)的非常好，一定要花點(diǎn)時(shí)間去讀??！ HaploMerger2的分析流...
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R數(shù)據(jù)可視化7:氣泡圖 Bubble Plot“氣泡圖”這個(gè)名字聽(tīng)著就很可愛(ài)是不是！今天讓我們來(lái)看看這個(gè)氣泡圖長(zhǎng)什么樣，可以展示什么樣的數(shù)據(jù)，以及如何用R作圖。 什么是氣泡圖 氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個(gè)個(gè)...
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如何用binmapr進(jìn)行遺傳定位binmapr是我折騰的一個(gè)R包，它能夠?qū)GS測(cè)序得到SNP數(shù)據(jù)基于binmap進(jìn)行糾錯(cuò)，用于更好的遺傳定位。 在閱讀本文之前，請(qǐng)先花點(diǎn)時(shí)間看看Bin, Bin, Bin！...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（上篇）
BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目（最早的是RNA-seq），但是卻是我最早獨(dú)立開(kāi)展的數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目， 我曾經(jīng)專(zhuān)門(mén)寫(xiě)過(guò)一篇文章介紹如何使用SHOREMap做擬南芥的E...
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GWAS--益處和局限性內(nèi)容來(lái)自文章：Benefits and limitations of genome-wide association studies GWAS 注：染色質(zhì)開(kāi)放性（chroma...
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關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
全基因組關(guān)聯(lián)分析是一種在人類(lèi)或動(dòng)植物全基因組中尋找變異序列的方法，全英文名為Genome-wide association study，縮寫(xiě)名為GWAS。 2005年，Sci...
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BSA,重測(cè)序完整篇重要聲明：許多工具、文檔是需要爬墻才能看到的，鏈接無(wú)法打開(kāi)時(shí)，可能是被墻了。BSA綜述2016年發(fā)表0.批量轉(zhuǎn)移文件的方法find ./bwa -name '*2447-20...
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重測(cè)序之BSA劉小澤寫(xiě)于18.7.18表型與基因型相關(guān)聯(lián)（基因定位）是遺傳學(xué)上的重要問(wèn)題。 什么是重測(cè)序Resequencing？ 我們使用的基因組是怎么來(lái)的？通過(guò)Denovo測(cè)序，也就是...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問(wèn)題，有問(wèn)題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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使用MutMap快速定位突變基因：原理篇緣起 在我的課題中，我們使用了BSA結(jié)合全基因組重測(cè)序的方法尋找候選基因。本人乃生信小白一枚，可是對(duì)生物信息學(xué)非常感興趣，一直想學(xué)一些生信分析。索性就以此為切入點(diǎn)，開(kāi)始了自學(xué)...
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