Step1：鏈特異性比對并組裝轉(zhuǎn)錄本 用HISAT2對每個樣本進行鏈特異性比對，隨后利用StringTie對每個樣本的轉(zhuǎn)錄本進行單獨組裝 Step2：過濾lncRNA 將所有...
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## lncRNA分析完全指北
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六、GEO差異基因功能注釋之KEGG和GO一、ENTREZID轉(zhuǎn)換 進行功能注釋，首先需要對差異基因deg數(shù)據(jù)集進行ENTREZID轉(zhuǎn)換 二、輸入數(shù)據(jù)準備 接下來拿出up基因和down基因的ENTREZID，組成di...
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時，都是在公司做測序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達分析差異表達分析內(nèi)容：? 基因表達量的標準化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達分析及可視化? limma-voom，edge...
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R語言學習筆記之熱圖繪制TaoYan 簡介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強熱圖的函數(shù)d3heatma...
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基因ID轉(zhuǎn)換及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler僅針對人類而言。雖然一直對GO和KEGG不感冒，但流程化的分析還是要做的。主要包括兩部分： 將基因編號轉(zhuǎn)為ENTREZID(具有唯一性）：基因編號來自ANNOVAR的注釋結(jié)果...
