引言：為什么要關心“驅動力”？ 如果你剛接觸液-液相分離（LLPS）這個領域，很可能會被一連串問題困住： 為什么有些蛋白質能在細胞里自發(fā)“抱團”形成液滴？ 為什么改變一個氨基...
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相分離的七大核心驅動力：入門者的全景解讀 -
下一個國自然風口 |“中藥自組裝納米顆?！北貙W的3大核心思路中藥湯劑里的"渾濁"，竟然是藥效的關鍵 熬過中藥的人都見過湯劑渾濁、掛壁、分層的現象，在過去很長一段時間里，這些"渾濁物"都被當作無用雜質被過濾丟棄。直到納米科學的介入，這一...
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從Co-IP到Turbo-ID鄰近標記：如何精準捕捉蛋白互作網絡中的“分子橋梁”引言 在日常的蛋白-蛋白相互作用（PPI）研究中，存在這樣一個令人頭疼的場景： 前期通過轉錄組學或表型分析，強烈暗示蛋白A和蛋白B存在功能上的協(xié)同；但免疫共沉淀（Co-IP）...
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相分離研究入門（三）：熒光斑點是相分離發(fā)生的核心依據嗎？相分離在活細胞內的嚴謹驗證引言 在前兩篇連載中，丸子帶大家完成了目標蛋白的相分離生信預測與體外重構驗證，終于在試管里拿到了蛋白“內在”相分離能力的硬證據。但別高興得太早，必須明確一點：你的蛋白在體外干...
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相分離研究入門（四）：功能閉環(huán) | 如何確立相分離與特定生物學功能之間的因果關系引言 在前三篇連載中，丸子帶大家系統(tǒng)走完了相分離的生信初篩、體外重構金標準驗證，以及活細胞內的嚴謹鑒定，一步步搭建起了相分離現象鑒定的完整證據鏈。但走到這里，大家一定要記?。?..
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相分離研究入門（二）：試管中的證據|體外重構相分離的“金標準”實驗方案引言 上一篇《相分離研究入門（一）：如何從序列特征預測你的蛋白能否發(fā)生相分離？ - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/069fd6337dfb?v=1...
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相分離研究入門（一）：如何從序列特征預測你的蛋白能否發(fā)生相分離？引言 液-液相分離（LLPS）火了十多年，從最初的“無膜細胞器怎么來的”，到如今滲透進轉錄調控、應激顆粒、神經退行性疾病、腫瘤等幾乎所有熱門方向——可以說，它徹底顛覆了我們對...
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植物相分離研究：B-isox MS技術從相分離蛋白庫中找到你的下一個課題引言 前陣子我在翻文獻的時候，發(fā)現了一個特別有意思的現象：相分離 這個詞在動物細胞生物學圈子已經火了好幾年了——從應激顆粒到轉錄凝聚體，從神經退行性疾病到腫瘤發(fā)生，幾乎刷屏了...
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【藥物靶點篩選】如何判斷藥物靶點是被抑制還是被激活引言 在靶向藥物發(fā)現中，篩選到一個候選化合物與目標蛋白結合的信號之后，面臨的核心問題往往是：這個化合物到底是激活（激動劑/活化劑）還是抑制（拮抗劑/抑制劑）靶點的功能？這個看...
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【藥物靶點篩選】如何根據你的研究基礎選擇靶點發(fā)現思路？引言 在廣闊的藥物研發(fā)領域，萬事開頭難。無論是學術界的科研人員還是工業(yè)界的研發(fā)者，課題的核心始終圍繞著疾病、靶點和藥物這三大基本要素展開。 如何根據現有的實驗條件和研究基礎，...
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蛋白互作實驗 | WB驗證成功但IP-MS查不到誘餌蛋白的深度排查思路引言 在蛋白質互作（PPI）研究中，免疫沉淀-質譜聯(lián)用（IP-MS）是我們最依賴的核心武器。 但很多研究者都經歷過這樣一個令人崩潰的“至暗時刻”：經過精心操作，IP后的Wes...
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蛋白翻譯后修飾搜庫策略對比：Closed / Open / Offset Search如何根據科研問題具體的應用引言 同樣是搜庫，為什么別人能挖出更多修飾？在上篇中，我們系統(tǒng)剖析了ClosedSearch、OpenSearch和OffsetSearch這三種PTM檢索策略的核心差異。然...
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蛋白翻譯后修飾搜庫策略對比：Closed / Open / Offset Search有何區(qū)別？引言 同樣的質譜數據，用MaxQuant只鑒定到幾個磷酸化位點，換用其他引擎卻能挖出數十種修飾——差異不在軟件本身，而在檢索策略。鳥槍法蛋白質組學本質是從碎片離子譜圖中反向推...
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【液-液相分離研究】三大蛋白質組學技術如何高效分離與鑒定相分離蛋白引言 做相分離研究，最讓人頭疼的問題往往是第一步：我該從哪里下手找到那些真正參與相分離的蛋白？ 液-液相分離（LLPS）作為細胞內無膜細胞器形成的核心機制，這幾年熱度一直不減...
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「分子對接/分子動力學模擬」如何尋找蛋白-配體相互作用中真正的“關鍵殘基”引言 如果你做過蛋白-配體研究，大概率經歷過這種場景：對接做完，盯著3D結構，看到配體周圍有幾個殘基——氫鍵、疏水作用、π-π堆積都有。于是論文里順理成章地寫下：“這些是關鍵...
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[目的蛋白修飾位點分析] 鑒定到修飾位點后，如何進一步驗證該位點發(fā)生了修飾？引言 經過數月的細胞培養(yǎng)、蛋白提取、酶解和富集，你終于從修時鑒定位點分析中鎖定了目的蛋白上的幾個高置信度修飾位點。這一刻，仿佛站在了“新發(fā)現”的門檻上 質譜看到了，但你如何證...
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【修飾酶底物鑒定路徑決策】目的蛋白是一個修飾酶，應該怎么找對應的底物？引言 蛋白翻譯后修飾是細胞信號網絡的核心調控方式，修飾酶作為修飾反應的催化核心，其底物譜的解析是闡明酶生物學功能、挖掘疾病靶點的必經之路。 在實驗體系中，修飾酶與底物常存在瞬...
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中藥自組裝是什么？自組裝后中藥藥效迎來的三大顛覆性升級引言 說起中藥，我們第一反應都是一碗碗溫熱的湯劑。千百年來，它憑多組分、多靶點、整體調治的療效守護國人健康，但湯藥起效的微觀機制，一直是科學界的“黑箱”。而如今，中藥無載體自...
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自定義修飾鑒定（PTMs）揭秘微生物代謝物“共價修飾”靶蛋白機制引言 隨著腸道微生物組研究的深入，一項顛覆傳統(tǒng)的認知正在學界蔓延：腸道菌群產生的海量代謝物，不僅僅是傳遞信號的配體，它們更能直接以“共價修飾”的形式，不可逆地結合在宿主或菌群...
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從特異性探針標記到無修飾DIA：ABPP、PALP等五大共價藥物靶點篩選技術怎么選？前言 靶向共價抑制劑（TCIs）因其長效的靶點占有率以及攻克“不可成藥”靶點的獨特優(yōu)勢，已經成為現代創(chuàng)新藥物研發(fā)的核心賽道。近年來，KRASG12C抑制劑Sotorasib和...