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    9.3 GWAS:關(guān)聯(lián)分析——EMMAX

    EMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個(gè)代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析。EMMAX認(rèn)為,每一個(gè)SNP對(duì)復(fù)雜性狀的解釋率都很低,每個(gè)組件的方差在運(yùn)算中...

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    轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析-上游分析

    一、認(rèn)識(shí)轉(zhuǎn)錄組 RNA作為基因組和蛋白質(zhì)組之間的鏈接部分,是分子生物學(xué)中獨(dú)特的核心活動(dòng)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是分析某一組織中的全部RNA的表達(dá)量,包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...

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    生存分析(2)

    之前寫(xiě)過(guò)生存分析的數(shù)學(xué)相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí),這次直接使用R語(yǔ)言進(jìn)行生存分析的實(shí)戰(zhàn)演練。 1. 生存分析 導(dǎo)入示例需要的數(shù)據(jù) 看一看這個(gè)數(shù)據(jù)里面都有什么 有這幾項(xiàng)數(shù)據(jù) 這幾項(xiàng)數(shù)據(jù)的含義...

  • 挑選ssGSEA的基因集繪制基因熱圖

    首先加載相應(yīng)的包 然后找到感興趣的通路的基因集 讀取TPM格式的數(shù)據(jù) 準(zhǔn)備好分組信息 準(zhǔn)備繪圖用的數(shù)據(jù) 指定繪圖用的顏色并繪制熱圖

  • 利用ggplot繪制火山圖和ggrepel標(biāo)記特定基因

    學(xué)習(xí)來(lái)源生信技能樹(shù)課程以及sthda學(xué)習(xí)網(wǎng)站http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-essentials[http://www.s...

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