Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
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PRO-seq文獻閱讀 -
ChIP-seq和CUT&Tag技術(shù)ChIP-seq：利用染色質(zhì)免疫共沉淀 + 高通量測序研究某種蛋白質(zhì)結(jié)合的基因組區(qū)域 1. 甲醛交聯(lián)：將所有蛋白和其結(jié)合的DNA固定下來 2. 染色質(zhì)片段化：裂解細胞、DNA...
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RDA 結(jié)果解讀介紹 微生物多樣性分析中，α多樣性主要關注局域均勻生境下的物種數(shù)目 ，通俗來講就是樣本內(nèi)的物種多樣性。β多樣性是指在地區(qū)尺度上，物種組成沿著某個梯度方向從一個群落到另一個群落...
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隨機森林原理介紹與適用情況（綜述篇）一句話介紹 隨機森林是一種集成算法（Ensemble Learning），它屬于Bagging類型，通過組合多個弱分類器，最終結(jié)果通過投票或取均值，使得整體模型的結(jié)果具有較高...
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2022-04-20【文獻分享】李家洋院士：野生異源四倍體水稻的從頭馴化最近看到李家洋院士團隊2021年在《cell》發(fā)表的這篇文章A route to de novo domesticationof wild allotetraploid ri...
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MSTmap：遺傳圖譜分析軟件一、MSTmap軟件介紹 MSTmap有網(wǎng)頁版、Linux版兩個版本： 在線網(wǎng)頁版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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構(gòu)建遺傳圖譜---作圖群體如何選擇？
基因定位最有效且最常用的方法就是先構(gòu)建遺傳連鎖圖譜再進行基因定位，該方法對于數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀的基因定位都適用。 構(gòu)建連鎖圖譜的前提是建立作圖群體，建立作圖群體需要考慮幾個因...
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調(diào)節(jié)性R-loops：促進基因表達和基因組穩(wěn)定性（一）R-loops是一種含RNA-DNA雜合體的三鏈結(jié)構(gòu)，經(jīng)常在轉(zhuǎn)錄中形成。R-loop的錯誤調(diào)控與DNA損傷、轉(zhuǎn)錄延伸缺陷、過度重組和基因組不穩(wěn)定性有關。與這種非計劃的...
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ANNOVAR | 變異注釋【上】
一、簡介 會得到一系列變異數(shù)據(jù)，這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們在基因組的某個位置發(fā)生了一段序列的改變，至于這個改變會不會影響生物學功能，我們并不清楚。而注釋就是將基因組的序列變異數(shù)...
