寫(xiě)在前面 目前,github 應(yīng)是生信軟件擺放的主流倉(cāng)庫(kù)。比如我們熟悉的TBtools, Seqkit,IGV等等。當(dāng)然,甚至很多時(shí)候,我們會(huì)發(fā)現(xiàn)一些高水平的分析類文章直接講...
寫(xiě)在前面 目前,github 應(yīng)是生信軟件擺放的主流倉(cāng)庫(kù)。比如我們熟悉的TBtools, Seqkit,IGV等等。當(dāng)然,甚至很多時(shí)候,我們會(huì)發(fā)現(xiàn)一些高水平的分析類文章直接講...
今天繼續(xù) 跟著Nature Communications學(xué)畫(huà)圖系列第四篇。學(xué)習(xí)R語(yǔ)言ggplot2包畫(huà)散點(diǎn)圖,然后分組添加擬合曲線。對(duì)應(yīng)的是論文中的Figure2 對(duì)應(yīng)的 N...
samtools用conda 剛安好是可用的,但是裝了其他一些軟件后就有可能報(bào)錯(cuò) 解決方案: 原理 這個(gè)問(wèn)題在github issue中很多人提到,samtools開(kāi)發(fā)者說(shuō)這...
載入數(shù)據(jù) mycounts<-read.csv("2020武漢加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]my...
HOMER 是一套用于Motif查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具。hommer結(jié)果中一般包含已知motif富集情況,并且也會(huì)對(duì)用戶提供的序列進(jìn)行重頭預(yù)測(cè)motif。 很多同學(xué)在拿到這...
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖,那如果我們已經(jīng)有自己重點(diǎn)關(guān)注的基因,并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來(lái)怎么弄呢? 今天再來(lái)介紹一下,做完差異分析之后怎...
寫(xiě)在前面的話 你既然點(diǎn)進(jìn)來(lái)了,說(shuō)明你多半用過(guò)這個(gè)軟件。但我猜,大多數(shù)人早期使用這個(gè)軟件的時(shí)候,一定是趕鴨子上架:因?yàn)橐?huà)圖,所以必須會(huì)。 但你真的懂了么? 太長(zhǎng)不看系列 對(duì)于...
ref1:deeptools輔助CHIP-seq數(shù)據(jù)分析-可視化 | 生信菜鳥(niǎo)團(tuán) ref2:如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) - 生信技能樹(shù) ref3:The too...
劉小澤開(kāi)始寫(xiě)于19.7.31寫(xiě)這個(gè)是因?yàn)榭吹烬埿墙坛淌褂昧舜罅康膒erl腳本,動(dòng)輒4、5千行,例如https://github.com/WGLab/PennCNV/blob/...