寫(xiě)在前面 目前，github 應(yīng)是生信軟件擺放的主流倉(cāng)庫(kù)。比如我們熟悉的TBtools， Seqkit，IGV等等。當(dāng)然，甚至很多時(shí)候，我們會(huì)發(fā)現(xiàn)一些高水平的分析類文章直接講...
發(fā)簡(jiǎn)信
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跟著Nature Communications 學(xué)畫(huà)圖~ggplot2散點(diǎn)圖分組添加擬合曲線今天繼續(xù) 跟著Nature Communications學(xué)畫(huà)圖系列第四篇。學(xué)習(xí)R語(yǔ)言ggplot2包畫(huà)散點(diǎn)圖，然后分組添加擬合曲線。對(duì)應(yīng)的是論文中的Figure2 對(duì)應(yīng)的 N...
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【已解決】samtools報(bào)錯(cuò)error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0
samtools用conda 剛安好是可用的，但是裝了其他一些軟件后就有可能報(bào)錯(cuò) 解決方案： 原理 這個(gè)問(wèn)題在github issue中很多人提到，samtools開(kāi)發(fā)者說(shuō)這...
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【原創(chuàng)】R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)：read counts如何轉(zhuǎn)化為T(mén)PM和FPKM, TPM和FPKM相互轉(zhuǎn)化
載入數(shù)據(jù) mycounts<-read.csv("2020武漢加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]my...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-6: 怎么選擇HOMMER結(jié)果中的motif
HOMER 是一套用于Motif查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具。hommer結(jié)果中一般包含已知motif富集情況，并且也會(huì)對(duì)用戶提供的序列進(jìn)行重頭預(yù)測(cè)motif。 很多同學(xué)在拿到這...
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一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)標(biāo)記重要基因
前面介紹了怎么一行命令完成RNAseq差異分析加作圖，那如果我們已經(jīng)有自己重點(diǎn)關(guān)注的基因，并且想把這些基因在差異結(jié)果里展示出來(lái)怎么弄呢？ 今天再來(lái)介紹一下，做完差異分析之后怎...
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你考慮過(guò)computeMatrix的工作原理么?寫(xiě)在前面的話 你既然點(diǎn)進(jìn)來(lái)了，說(shuō)明你多半用過(guò)這個(gè)軟件。但我猜，大多數(shù)人早期使用這個(gè)軟件的時(shí)候，一定是趕鴨子上架：因?yàn)橐?huà)圖，所以必須會(huì)。 但你真的懂了么？ 太長(zhǎng)不看系列 對(duì)于...
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deeptools可視化ref1：deeptools輔助CHIP-seq數(shù)據(jù)分析-可視化 | 生信菜鳥(niǎo)團(tuán) ref2：如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) - 生信技能樹(shù) ref3：The too...
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生信~一天學(xué)會(huì)Perl，你相信嗎？劉小澤開(kāi)始寫(xiě)于19.7.31寫(xiě)這個(gè)是因?yàn)榭吹烬埿墙坛淌褂昧舜罅康膒erl腳本，動(dòng)輒4、5千行，例如https://github.com/WGLab/PennCNV/blob/...
