發(fā)簡信
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DNA甲基化知識圖譜——生物學(xué)過程Despite an ever-growing body of work published on DNA methylation each y...
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將數(shù)據(jù)集中一個(gè)CELL拆成多行或反過來
一、將一個(gè)CELL的一行轉(zhuǎn)成多行 在做數(shù)據(jù)清洗時(shí)，有時(shí)會(huì)遇到一個(gè)cell中是很多個(gè)逗號隔開的數(shù)據(jù)，也就是一對多的情況，而我們需要將其轉(zhuǎn)為每一行是...
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用topGO進(jìn)行GO富集分析topGO是一個(gè)半自動(dòng)的GO富集包，該包的主要優(yōu)勢是集中了好幾種統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的方法，目前支持的統(tǒng)計(jì)方法如下： 一、安裝 BiocManager::i...
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用blast進(jìn)行本地化搜索PHI數(shù)據(jù)庫
PHI（pathogen host interactions）是一個(gè)病原菌和宿主互作的數(shù)據(jù)庫，包含了許多已報(bào)道的病原菌致病相關(guān)基因的信息。網(wǎng)頁版...
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轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因分析基本流程（上）
入門而已，主要是為了熟悉轉(zhuǎn)錄組分析的基本流程，得到差異表達(dá)基因，所以在數(shù)據(jù)上選擇了比較小的單端測序數(shù)據(jù)，同時(shí)也不考慮論文出處，僅簡單分析數(shù)據(jù)。數(shù)...
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GO富集分析GO富集是組學(xué)數(shù)據(jù)分析常用的手段，通常用來挖掘差異基因中GO term的富集程度。Fisher's exact test是常用的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)方法，但...
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GO文件中的注釋信息是如何得到的
一直很好奇GO注釋文件中的信息是如何得到的，終于在《The Gene Ontology Handbook》中找到了答案。GO的原始文件可以分為兩...
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基因本體論一、什么是生物學(xué)功能 根據(jù)Paul D. Thomas的說法，現(xiàn)在關(guān)于什么是生物學(xué)功能的討論主要有兩種："causal role functio...
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本體論是什么
Dispite this popularity and widespread use, many aspects of the Gene Ont...