Despite an ever-growing body of work published on DNA methylation each year, it remains...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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DNA甲基化知識圖譜——生物學(xué)過程 -
將數(shù)據(jù)集中一個CELL拆成多行或反過來
一、將一個CELL的一行轉(zhuǎn)成多行 在做數(shù)據(jù)清洗時，有時會遇到一個cell中是很多個逗號隔開的數(shù)據(jù)，也就是一對多的情況，而我們需要將其轉(zhuǎn)為每一行是一對一的格式，這時可用iter...
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用topGO進(jìn)行GO富集分析topGO是一個半自動的GO富集包，該包的主要優(yōu)勢是集中了好幾種統(tǒng)計檢驗(yàn)的方法，目前支持的統(tǒng)計方法如下： 一、安裝 BiocManager::install('topGO')...
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用blast進(jìn)行本地化搜索PHI數(shù)據(jù)庫
PHI（pathogen host interactions）是一個病原菌和宿主互作的數(shù)據(jù)庫，包含了許多已報道的病原菌致病相關(guān)基因的信息。網(wǎng)頁版的PHIB-blast只能支持...
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轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因分析基本流程（上）
入門而已，主要是為了熟悉轉(zhuǎn)錄組分析的基本流程，得到差異表達(dá)基因，所以在數(shù)據(jù)上選擇了比較小的單端測序數(shù)據(jù)，同時也不考慮論文出處，僅簡單分析數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)來源：Accession n...
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GO文件中的注釋信息是如何得到的
一直很好奇GO注釋文件中的信息是如何得到的，終于在《The Gene Ontology Handbook》中找到了答案。GO的原始文件可以分為兩部分：ontology和ass...
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Phylogenetic tree——系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建具體構(gòu)建發(fā)育樹的軟件非常多，這里主要使用R軟件中的tidytree, treeio和ggtree包來進(jìn)行數(shù)據(jù)整合、操作和圖像繪制(https:yulab-smu.github...
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Phylogenetic tree——系統(tǒng)發(fā)育樹的生成有人說生命科學(xué)的所有問題的答案都應(yīng)該到進(jìn)化里尋找，還有人說不懂進(jìn)化的生命科學(xué)家是耍流氓。 系統(tǒng)發(fā)育樹或進(jìn)化樹是一種常用來表示物種宗譜親緣關(guān)系的樹狀結(jié)構(gòu)圖。在分子水平，親緣關(guān)系...
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Mothur分析Illumina微生物組數(shù)據(jù)（一）
數(shù)據(jù)來源：Development of a dual-index sequencing strategy and curation pipeline for analyzin...
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UniFrac distance物種多樣性的指標(biāo)：alpha diversity: 衡量一個集合體或一個環(huán)境中物種的多樣性。beta diversity:衡量群落之間的差別，是生態(tài)系之間的種的多樣性。gam...
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The rent of emerald-the price of house on seattle AirBNBSeattle is a seaport city on the West Coast of the United States. The city is situated ...
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缺而不失——pandas中常見缺失值處理方法缺失值的處理是一件藝術(shù)活，最高的境界應(yīng)該是缺而不失。pandas中提供了非常豐富的工具來對缺失值進(jìn)行處理。這里主要是對常用方法的簡要介紹。 注：不同地區(qū)和軟件對缺失值的表示方...
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研究生入坑只見森林不見樹木每個入坑的研究生幾乎都是從看綜述開始的，在確定好研究課題后的第一件是也許就是看各種綜述。如果把綜述看成一顆樹，那么順著這顆樹的脈絡(luò)，我們可以清楚地看到這個小領(lǐng)域的研究方向和進(jìn)...
