劉小澤寫于2020.2.6最近再一次做起了轉(zhuǎn)錄組，但這一次需求有點小改變，需要自己定制一下，具體原因看本文吧。其中要特別表揚花花??同學，幫了個大忙！ 問題由來 我們一般進行富...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
-
一個看似簡單的需求——修改富集分析的dotplot圖 -
單細胞轉(zhuǎn)錄組學習筆記-12-RPKM概念及計算方法劉小澤寫于19.7.9+12-第二單元第十講：RPKM概念及計算方法筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
-
ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個基因在不同的數(shù)據(jù)庫有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串數(shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
-
技能帖 | 基因ID和基因名如何快速互換，三分鐘即可做到
在我們進行組學數(shù)據(jù)分析或者看別人給我們的數(shù)據(jù)報告的時候，經(jīng)常會看到諸如ENSG00000141738 之類的名稱，面對這樣的名稱，我們往往是得不到任何信息的，更不可能把這樣的...
-
Stringtie的使用說明
參考文獻：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
-
單細胞分析——如何確定合適的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期內(nèi)容同時發(fā)布于單細胞天地微信公眾號。 在進行單細胞分析時，非常重要的一步就是聚類分群，而在這個過程當中經(jīng)常令人困惑的是如何選擇一個合適的分辨率（re...
-
單細胞 | Seurat文件生成最近想使用文獻中的數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)每篇文獻提供的數(shù)據(jù)格式都不太一樣，創(chuàng)建seurat對象會遇到一些問題。以標準的輸入文件為例，命名為barcodes.tsv.gz、feature...
-
FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報告的詳細解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測序平臺編號，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
