先對bam文件建立索引。samtools index XXX.bam
deeptools系列01-multiBamSummary一、deeptoolsmultiBamSummary詳細介紹 官網(wǎng)說明書——deeptools multiBamSummary[https://deeptools.readt...
發(fā)簡信
IP屬地：新疆
-
-
快準(zhǔn)狠安裝DESeq2——誰用誰知道轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)回來啦，開始新的生信之旅。 在安裝DESeq2的時候碰壁了，在網(wǎng)上也看了很多方法，但是好像都不咋管用。。。。。。 先放幾張報錯圖片，也許能遇到相同報錯的朋友們，可少...
-
deeptools系列02-plotCorrelation（樣本相關(guān)性分析和可視化工具）一、deeptoolsplotCorrelation詳細介紹 官網(wǎng)說明書——deeptools plotCorrlation[https://deeptools.readth...
-
從bam文件中提取未比對上的reads——so easy!前段時間送去測序的實驗數(shù)據(jù)拿回來了，然后做完比對之后發(fā)現(xiàn)unique_reads比對率不夠理想，確保分析數(shù)據(jù)過程中沒有出錯的前提下，個人認(rèn)為實驗過程中可能有污染。所以需...
-
deeptools系列01-multiBamSummary
一、deeptoolsmultiBamSummary詳細介紹 官網(wǎng)說明書——deeptools multiBamSummary[https://deeptools.readt...
-
windows本地BLAST（二）：操作及應(yīng)用
以blastn用法為例: 1、建索引： makeblastdb -dbtype nucl -in ref.fasta 注： -dbtype：序列類型，nucl為核酸序列，pr...
-
windows本地BLAST（一）：下載、安裝服務(wù)器壞了一個多星期，工程師還沒來修……不能再坐以待斃了?。?！ 一、下載windows 本地BLAST具體操作流程 下載地址：ncbi-blast-2.11.0+-win64...
-
Linux基礎(chǔ)操作2——壓縮和解壓縮
Linux基礎(chǔ)操作2——壓縮和解壓縮 1、gzip (gunzip) 壓縮（解壓縮）文件，產(chǎn)生后綴為.gz的壓縮文件。 gzip –d file 解壓縮文件 gzip –f ...
-
Linux基礎(chǔ)操作1——文件和目錄
Linux基礎(chǔ)操作1——文件和目錄一、目錄 1、mkdir dirname 建立子目錄. 注意:用戶不能在一個不存在的目錄中建立子目錄。 2、mkdir data 在當(dāng)前目錄...
-
讓我看看誰還不會用deeptools可視化(bcpp)
一、deeptools安裝 見我寫的第一篇文章《Conda 安裝軟件萬能鏈接》：Conda安裝軟件萬能鏈接[http://www.itdecent.cn/p/70bd0e7...
-
操作環(huán)境混亂怎么辦？想安裝deeptools卻老是安裝不了…… 環(huán)境不兼容就特意給你創(chuàng)建個新環(huán)境，結(jié)果就成功安裝了 命令： 創(chuàng)建deeptools新環(huán)境：conda create -n deep...
-
-
超詳Chip-seq分析流程一、Chip-seq分析流程 二、數(shù)據(jù)、參考基因組、所需軟件下載 1、參考基因組下載： 以二穗短柄草為例： https://genome.jgi.doe.gov/portal...
-
Conda 安裝軟件萬能鏈接分享一個conda安裝軟件萬能網(wǎng)站：可以直接在這里面搜索想要的軟件名稱看看是否能夠直接用conda安裝，如果可以直接復(fù)制命令進行安裝！ 網(wǎng)址：https://anaconda...
-
Trim Galore ——自動檢測adapter的質(zhì)控軟件之前分析過的測序數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)量都很好，給了我一個錯覺質(zhì)控的前后差別不是很大，內(nèi)心里對質(zhì)控這一步也就不是很重視，跑完質(zhì)控有時也懶得看結(jié)果，拿到一批測序數(shù)據(jù)后，也總是忽略了去看測...
-
作為生信菜鳥，雖然之前用 R 畫了不少圖，但經(jīng)常是現(xiàn)用現(xiàn)學(xué)，感覺 R 的知識不系統(tǒng)，之后系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下 R 語言。在這里把讀書筆記整理出來，入門書籍包括《R 語言編程藝術(shù)》、《ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》、《R 語言實戰(zhàn)》、《R 語言與 Bioconductor 生物信息學(xué)應(yīng)用》。
-
記錄學(xué)習(xí)生信的點滴
