簡介 Markdown 是一種輕量級標(biāo)記語言，它用簡潔的語法代替排版，使我們專心于碼字。它的目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)易讀易寫，成為一種適用于網(wǎng)絡(luò)的書寫語言。同時，Markdown支持嵌入h...
發(fā)簡信
IP屬地：江西
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Markdown的常用語法(個人總結(jié))
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一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個問題的理解給...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤，發(fā)現(xiàn)很多知識點(diǎn)理解并不深入，想對這些不清晰的知識點(diǎn)重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響，我們需要對單細(xì)胞counts矩...
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Seurat對象、SingleCellExperiment對象和scanpy對象的轉(zhuǎn)化Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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R-ggplot2-說說繪圖中顏色的這點(diǎn)事-應(yīng)該是比較全的總結(jié)篇0. 問題導(dǎo)入 之前繪圖的時候，我經(jīng)常會去RGB顏色對照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手動去摘選顏色碼，然后手動粘到g...
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生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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ATAC-seq ENCODE流程我突然發(fā)現(xiàn)我們的超算上有大名頂頂?shù)腅NCODE數(shù)據(jù)庫ATAC-seq的分析流程，對于個人而言也可以輕松安裝并進(jìn)行調(diào)用[https://github.com/ENCODE-DC...
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三維基因組中的開放染色質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（二）
文章來源：科研圈2018-05-12 北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院賈璐萌，李亭亭（李程研究組） 上回說到Hi-C更適用于研究大尺Hi度上的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，而不適用于研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件之間的...
